Pokémon

在人迹罕至的一块净土上，超梦和复制的宝可梦过着平静的生活，但是发现了超梦的阪木却暗中进行着不为人知的秘密计划，最后连小智一行人也被牵连其中，开始了一场攸关超梦和复制的宝可梦们命运的壮烈战役……

若叶镇的健太是这个世界上的一个培养自己宝可梦，通过战斗让宝可梦逐渐变强的极其普通的男孩。他在与自己的伙伴火暴兽等宝可梦们一起旅行。某日，他在旅途中的宝可梦中心偶然遇到了自己的青梅竹马————玛莉娜。二人本打算久违地通过对战相互交流一下水平，却在此时，传来了震天动地的轰雷声，天空中乌云密布，雷电交加……

超世代S09E27 持续旅行的小智一行人在看见天空出现极光后，就发现宝可梦、精灵球以及宝可梦导航器都出现了异常。日向向小智一行人解释了原因，并告诉他们她这次前来就是为了解决此地的异常现象……

钻石与珍珠SP1 在小智在合众地区旅行之时，留在双叶镇家中的小光也正在为了大型庆典而进行特训。看到了这一情况的彩子向小光提出了挑战！在与原本是顶级协调家的妈妈对战之后，小光越发坚定了前去丰缘地区旅行的决心。然而，她为该带哪些伙伴去旅行而犹豫起来，因而前往了山梨博士的研究所，打算找他商量。在研究所中，小光遇到了为选择哪只初始宝可梦而烦恼的新人训练家シンコ。在シンコ的面前，波加曼与小火焰猴吵起架来，并冲出了研究所……

钻石与珍珠SP2 某一天，次郎所掌管的尼比道馆面临了有史以来最大的危机。正在为了宝可梦医生学校的入学考试而努力的小刚，能够克服这次的危机吗…！？

超级愿望SP01/E143 天桐告别小智和艾莉丝，和花椰猴一起来到城都地方。他在某个湖钓鱼，并钓到暴鲤龙。可惜花椰猴在和暴鲤龙的对战中落败，天桐立刻带受伤的花椰猴到宝可梦中心，并在那里遇上小智往日的旅伴小刚和拥有皮卡丘的女孩阿由美…

XY放送前特别篇

掌握一切！宝可梦 XY 特别篇!!

超级愿望SP02/E144 在龙之圣地的树上睡觉时不小心掉到盔甲鸟的身上，受到惊吓的盔甲鸟带着圆陆鲨来到了城都地区，初次到城市的圆陆鲨对未见过的实物感到害怕，开始在城市里随意挖洞破坏，从而被居民追赶。以挑战烟墨道馆的馆主小桩为目标的艾莉丝认为圆陆鲨这么做一定有原因，后来艾莉丝与其心灵相通，化解了矛盾，圆陆鲨对艾莉丝也产生了好感...

宝可梦训练家艾岚希望与每一个能使用超级进化的训练家对战，为了实现目标，他去往世界各地旅行。他首先找上了卡洛斯四天王之一——志米，因为他听说志米拥有一块超级石。

在寻找哲尔尼亚斯的旅途中，蒂安希被一声呼救叫醒了，她随即前去察看。当她忠实的侍奉者们——马吉马、奈特、久克发现公主从他们寄宿的小木屋里走了出去时，他们正打算跟着去察看情况，不想摆在他们四个面前的，将会是一个非常麻烦的问题！

艾岚继续着他的旅行，寻找并打败世界上所有能使用超级进化的训练家。他接下来遇见了丰缘地区的冠军大吾，大吾为了了解超级进化和超级石的秘密也一直在旅行。但烈空坐突然出现在天空上，两人都因此而措手不及。

艾岚和大吾必须想办法阻止固拉多、盖欧卡和烈空坐之间世界末日般的冲突，以免这些神兽将丰缘地区变成一片废墟。

讲述了巴尔札与梅雅利兄妹俩年幼时，与胡帕发生的一系列故事。

艾岚跟着弗拉达利回到了卡洛斯，与十个能使用超级进化的宝可梦训练家进行比赛来接受考验。如果失败，艾岚就会失去他的超级石和钥石。与此同时，哈力栗发现闪焰队的科学家们正在对一只未知的宝可梦进行实验，导致它感染了一种神秘疾病。

小智在旅行途中遇到的少年，遥人。他身上有某个秘密？ 小智和母亲花子约定好在隔壁镇上见面，然而在他睁开眼睛的时候却发现，皮卡丘不见了？！此时遥人出现在正在寻找皮卡丘的小智面前。 小智跟着遥人前往寻找夺走皮卡丘的那群可疑人物。关系逐渐变好的两人……将面临冲击性的事实！！ 遥人遇到的抓走皮卡丘的穿着奇怪服装的可疑人物，果然是火箭队呢！有种预感，感觉还会有其他事情会发生……

故事主角是一个名叫小智的男孩，今年刚满十岁，和母亲花子住在真新镇中。在那里，任何人只要一满十岁，就可以成为宝可梦训练家，并从宝可梦博士大木博士手中领取一只宝可梦。小智为了要成为宝可梦大师而必须踏上修行的旅程接受考验。不料出发的当天，小智却因睡懒觉而误了时间，比其他人晚了一步。好不容易从博士那里领来没人要的皮卡丘，谁知皮卡丘却难以照料又特别固执。但在与烈雀的战争中，小智终于和皮卡丘建立起珍贵的友谊，并击退了烈雀，但皮卡丘却受了重伤……

小智带着受了重伤的皮卡丘来到常青市的宝可梦中心，却遇到了专门绑架宝可梦的火箭队——武藏与小次郎，以及他们的宝可梦——阿柏蛇及瓦斯弹，外加一只喵喵。但是小智和小霞根本没办法与火箭队抗衡，就在千钧一发之际，利用自行车发电的皮卡丘终于恢复了健康，也一举把火箭队打得落花流水……

白天更加漆黑的常青森林，充满了许许多多的虫宝可梦，小智收服的第一只宝可梦——绿毛虫，却喜欢着害怕毛虫的小霞，产生了一些趣事。在收服了第二只宝可梦——比比鸟之后，火箭队为了夺取皮卡丘的行动，而比比鸟又在阿柏蛇及瓦斯弹的双重攻击下受伤，绿毛虫却以反败为胜的姿态更进化成铁甲蛹。

小智一行人在常青森林前行，小智发现独角虫，派比比鸟击倒它，正要收服时，持剑少年武士现身挑战，独角虫趁机逃走。小智派比比鸟对战少年的凯罗斯，不敌落败；再派铁甲蛹，它用变硬强化防御，致使凯罗斯大角破碎。武士也派出铁甲蛹，因双方都无攻击招式，只用变硬对峙数小时。​这时，一群大针蜂突然来袭，抱走小智的铁甲蛹，少年带小智一行人回他家避难。次日早上，小智试图救回铁甲蛹，却遭火箭队阻挠。火箭队的出现引发一群铁壳蛹进化为大针蜂，转而攻击小智一行人。小智的铁甲蛹挡下攻击后进化为巴大蝶，它用催眠粉让大针蜂入睡，众人趁机逃脱。之后，小智一行人告别武士，向深灰道馆进发。

小智和小霞离开常青森林，来到了深灰市，与深灰道馆的馆主小刚进行第一次道馆战，皮卡丘的特训之后，终于赢过了小刚的大岩蛇，得到了第一个徽章。也与第三位伙伴——小刚，一同踏上成为宝可梦大师之路。

宝可梦研究员——李科，以及破坏捣蛋的火箭队，聚集在拥有月之石的月见山；在一场保卫战之后，小智等人和皮皮们终于赶走了坏人，在月见山过着幸福快乐的生活。

为了获得华蓝道馆的徽章，小智与小霞展开了一场对战，但却遇上了火箭队的捣蛋；皮卡丘再次发挥实力，让小智获得了第二个徽章。

小智与连赢九十八场的小明相遇了；穿山鼠连胜比比鸟及巴大蝴，火箭队却偷走了穿山鼠，在一串战斗当中，历经严格训练的穿山鼠，终于连胜一百场。

小智一行人意外发现了一群学生在欺负另一个叫小淳的学生。他们都是宝可梦研究学院的学生，这个学校的学生毕业后可以直接获得参加宝可梦联盟的资格。小智等人对那群优等生仗势欺人的行为极为不满，，并去找训练负责人优藤圣代讲理。谁知优藤圣代是个非常漂亮的女孩……

迷路的小智等人掉落河里，获救后一路又是陷阱又是坑洞，最后到地图上没记载的宝可梦村。许多受伤被抛弃的宝可梦就在这里疗伤。好心收留它们的女孩名叫小翠。小智为她打败图谋不轨的火箭队，最后小翠叫妙蛙种子跟随小智离开，磨练自己。

小智一行人向枯叶市前进途中，在山头遇见一只体力衰弱的小火龙。它在岩上不知是在等谁,小智收服失败后来到宝可梦中心，在那里遇见大佑。他就是抛弃小火龙的初训家。最后由于小智救了小火龙，在小火龙的选择下，决定跟小智一起走。

杰尼龟军团和火箭队连成一气欺负小智等人。皮卡丘接近死亡边缘被关起来。小智为了买疗伤的药而奔走。眼看约定的时间刻刻逼近……

小智一行人走出森林来到沙滩。在那里遇见了住在灯塔的宝可梦研究家正辉。他在那里等候全世界只有一只的宝可梦。最后浓雾的另一边出现巨大影子，传说的宝可梦真的存在吗？

小智一行人终于来到枯叶市。首先到宝可梦中心填饱肚子，在那里，小智等人目击了好几只身受重伤的宝可梦。原来他们是向枯叶市道馆的道馆馆主挑战而被打伤的。皮卡丘对付进化型的雷丘，看似完全没有胜算。小智他们会成功拿到第三个徽章吗？

小智等人来到停泊国外船只的港口。在那里得到宝可梦训练家派对的招待券，他们不知这是火箭队的阴谋，傻傻上船了，还在那里与人交换宝可梦……

小智等人在船上受到火箭队攻击。就在一片混战中，船不知不觉漂到湾外，还遇到暴风雨。船员与乘客们都搭救生艇逃脱了，只有小智等人与火箭队昏迷在船上。眼看船只渐渐沉没，宝可梦的逃亡剧开始了……

小智等人与火箭队被暴鲤龙的龙之怒给轰飞，还与自己的宝可梦们分散。他们在岛上互相寻找对方。这座岛有许多巨大无比的宝可梦，这里到底是哪里呢？

渡假村蓝普尔其，柳爷爷的梦想是乘着一艘船游览世界一周，于是小智等人便帮忙柳爷爷工作。但是火箭队和附近的金婆婆想尽办法破坏。最后火箭队等人又被打飞出去了。而柳爷爷也开始了他的梦想。

小智一行人来到了鸠羽港 ，在那里遇见与金婆婆长相一模一样的银婆婆。她矢志要让这小地方成为超越蓝普尔其的渡假地，在海上大兴土木，而引来玛瑙水母和毒刺水母的反击。

小智一行人来到少女峡，那里正在举办夏日祭典。小刚一到那里就感受到少女的呼唤。火箭队的小次郎也是同样经验。两人为了少女而失魂落魄，原来那少女是两千年前的亡魂。宝可梦鬼斯与她陪伴，搞得大伙吓得魂都飞了。

小智等人来到海边，遇到一群渡海的巴大蝶。巴大蝶正迎接恋爱的季节，连小智的巴大蝶也找到可爱的女朋友高兴得要命。但是火箭队的人居然又出现了，想捉走巴大蝶去卖，巴大蝶去英雄救美吧。

金黄市的道馆馆主娜姿，她的宝可梦凯西会用超能力，把皮卡丘耍得团团转。惨败的小智等人还差点被变成洋娃娃囚禁起来，幸亏被一个老人救起，那个人指点小智获胜的方法。

为了打败娜姿的超能力宝可梦，小智按照老人指示来到耸立在雾中的宝可梦塔，想收服这里的幽灵宝可梦。最后虽然没收服成功，但是离开时有只鬼斯通自愿跟上来，也算是小有收获吧。

小智有了鬼斯通跟踪，又壮起胆子去向娜姿挑战。可是临阵时鬼斯通又不见影，跟在一旁的小刚与小霞成了代替小智受罚的倒霉鬼，被变成娃娃，小智忍无可忍，再度挑战……

小智遇见猴怪想加以收服，反而遭受攻击。此时火箭队过来搅局，踹了猴怪一腿，使得猴怪气愤进化成火暴猴，不管小智怎么逃，火暴猴都一再追上来，最后小智只好向火暴猴挑战。

来到玉虹市，小智在香水店批评女人用的香水，不只被赶出门，还不准进入道馆。原来香水店就是玉虹道馆！这时武藏献计让小智扮女生去当门徒，他们扮演小智的父母。火箭队在道馆内偷走东西后就纵火，小智救出臭臭花，获得虹色徽章。

哎呀呀镇在三天前开始，就发生许多小孩失踪，宝可梦昏沉的奇怪案件。小智等人循线追查，发现是三天前进化的引梦貘人的影响。这时火箭队也出现来抢走引梦貘人，双方又一场混战。

小智等人来到顶尖培育家们聚集的美容街，武藏与小次郎在这里开店把宝可梦打扮得怪模怪样，并企图趁机偷走珍贵的宝可梦。小刚带领小智来找小雪，得知火箭队的作为，而与小智等人一起跟火箭队火并起来。

宝可梦格斗选手权大会，P－1大赛要召开了。为了让爱美的父亲不再沉迷于格斗，小智带着火暴猴想去打打爱美爸爸的快拳郎。不过火箭队这次又跑来捣蛋……

在黑云市，皮卡丘来到电厂附近就感冒了。小智带他去宝可梦中心治疗，因为全市突然停电而无法医治，为了救皮卡丘，小智跑去电厂查明原因，在那里遇到了许多臭泥……

地鼠群使得近所山脉附近建筑里的水库一片混乱。不知为什么，前来赶地鼠的宝可梦训练家们，包括小茂的在内，他们宝可梦都不愿意从精灵球中出来，这到底是怎么回事呢？

小智一行人来到了遍地机关的忍者宅邸，那便是浅红道馆。道馆馆主阿桔一再派出了毒属性的宝可梦，小智要怎样运用战术赢得道馆战，拿下粉红徽章呢？

拉拉美族的富子被陷害受伤，小智只好代她骑着小火马参加比赛。火箭队跟都利夫达成协议，要帮助都利夫得到冠军，而在一路乱设陷阱，使得比赛一团混乱。

小智一行人误以为已经抵达狩猎地带，见到宝可梦就想收服，被君莎小姐给阻止，原来他们所在地是狩猎地带旁的宝可梦保护区。小智在这里认识跟袋兽住在一块的达山，以及前来寻子的达郎的爸妈。

小智等人来到狩猎地带认识了这里的园长凯撒，看到稀有的宝可梦迷你龙。三十年前，迷你龙引来一堆训练家大肆猎捕宝可梦，导致野生原野区的宝可梦几乎绝迹，这件事成了凯撒心中的心病……

小智等人为了前往阳光镇，必须过一座大桥才行，可是照规定，桥上只准自行车通行，幸好乔伊小姐拜托小智三人送药到对岸的宝可梦中心去，并愿意借自行车给他们，但却碰上了暴风雨来袭……

突来的倾盆大雨使得小智一行人不得不找地方避雨。虽然小霞满腹牢骚，小智等人还是踏入了那间建立在空旷原野上的阴森小屋。可是小霞的预感果然没错，小屋里有奇怪的动静，这该不会是鬼屋吧？害怕的小智等人其实只是来到演艺屋，百变怪的训练家伊美蒂居住的小屋。小智对百变怪深感兴趣，提出让皮卡丘与百变怪来宝可梦对战。

小智一行人来到了马察市的宝可梦中心，那里的宝可梦传送机器总是出故障，导致接收方一直无法收到传送过去的精灵球。小智一行人决定与秋叶原教授用来调查问题的电脑宝可梦多边兽共同一探究竟，却发现火箭队和另一只多边兽是罪魁祸首。

想成为宝可梦大师的小智，以及与小智共同旅行的小霞和小刚。三人经过一个美丽的森林，入内小憩一会儿。在大伙休息得正舒服时，皮卡丘注意到草丛中的影子。那双注视着他们的，原来是野生皮卡丘。皮卡丘注意到他的存在而向森林深处追去，不顾小智的呼喊……

小智等人在林中小径遇见一个备有水与食物的盘子，被人用绳子绑在树干上的宝可梦伊布。乍看之下像遭人抛弃的野狗，可伊布脖子上却绑着〞石头镇三丁目14号，太一〞刻着训练家名字与地址的金属牌。打开地图发现石头镇就在前面不远。小智等人带着伊布按照地址寻找，来到超级大豪宅。里面还传出欢迎的鼓掌声，这里面真的有伊布的训练家吗？

旅行久了是会肚子饿的。小智等人来到某个村子觅食。可是这个村子的面包店跟青菜店全都没有粮食，餐厅也是什么都没有。无计可施的小智等人因为饿得太厉害无法走动时，村子长老出现招待他们大吃一顿。小智等人在长老家中了解村子是因为遭到干旱而落此现况。为了报达这一饭之恩，小智等人决定到河川上游调查原因。

小智等人来到了黑暗市，被卷入亚斯道馆跟卡兹道馆的纠纷。小智劝和不成，反遭攻击，幸好皮卡丘大展神威，制伏他们。这时候乔伊出面……

为了让大家看他表演魔术，马健使出险招，想利用椰蛋树的催眠能力，谁知火箭队埋伏在后，一番乱斗，害得椰蛋树丛失控向城市奔去……

发高烧的喵喵被清美救起，因而对清美一见钟情，想施恩于清美制造机会留下来当店门口的招财猫。可是清美的宝可梦派拉斯却是个胆小鬼，战斗意志太弱，怎么也无法进化成派拉斯特……

小智一行人来到了霓虹镇。镇上的人因为睡觉太少，连君莎在内都变得脾气火爆。受不了镇上的吵杂，来到森林的小霞遇到一只不能唱歌的胖丁，经过一番努力，胖丁终于唱歌了，可是听众全部睡着……

小智阻止火箭队炸坏大傻谷失败，与火箭队等人一起掉进古代宝可梦沉睡的洞窟。一阵混乱之后，化石翼龙飞出洞窟咬走小智，火恐龙为了救小智，进化成喷火龙与化石翼龙决斗……

皮卡丘吃果实卡住无法呼吸，小智急着抱它求救。杜医生才刚治好皮卡丘，又有许多宝可梦因车祸受伤需要治疗。医院人手不足，在场的小智等人就被找来当助手了……

小次郎的父母假死引离家出走的小次郎出面继承遗产。小次郎一直顽抗，而武藏与喵喵见钱眼开，强迫小次郎顺应父母之意继承遗产。谁知小次郎长得与武藏一模一样的未婚妻鲁美嘉是怪人……

小霞跟火箭队的宝贝球都被带着大葱鸭的圭太给骗走。后来可达鸭自己逃出，在可达鸭带领下，小智，小刚，小霞带着君莎去逮捕圭太。为了教训圭太，小智要求进行宝可梦对战。大葱鸭出人意料的打败妙蛙种子……

小智在大傻谷骚动中捡到一个蛋，波克比。小智，小刚，小霞，还有喵喵举办淘汰赛，约定由获胜的人得到波克比。喵喵没有宝可梦，一人扮演两种角色，与小智小刚进行宝可梦对战……

妙蛙种子的进化祭典开始了。由长老妙蛙花主持，被吸引过去的妙蛙种子不愿进化，激怒了所有妙蛙花与妙蛙草……小智出面劝阻是否有效呢？

武藏与小霞在玩偶镇为了得到娃娃节的娃娃而在比赛中展开激战。面对有小智与小刚的宝可梦支持的小霞，武藏无计可施，派出最新收服的大舌头，使比赛有出人意料的发展……

儿童节那天小智等人让自己的宝可梦陪伴育幼院的小孩玩耍。阿勉要求跟喵喵玩，原来他曾经在森林被喵喵救过。可是其它学童没见过喵喵，都说阿勉骗人，于是火箭队决定派喵喵来给阿勉一个快乐的儿童节……

森林中有座警犬卡蒂狗训练所。火箭队三人为了得到训练所众多的卡蒂狗，竟用气体改变君莎与小智等人的声音，并使卡蒂狗们鼻子失灵，企图以假乱真，还命令卡蒂狗们攻击君莎与小智等人…

天才摄影师阿彻被火箭队所骗，想为皮卡丘拍照。不适应相机快门声音的皮卡丘一直闪躲。阿彻执着地跟着小智，对掉进火箭队挖的陷阱的小智伸出援手时，发现陷阱底下有个洞，小智与皮卡丘掉入洞内的水道，被水冲走。阿彻奋不顾身拯救小智，还与小智一起击退火箭队。

小智受到小霞刺激，去接受宝可梦检定考。火箭队的武藏与小次郎也到考场考试。这两人由于成绩不佳，脑羞成怒，竟动了向考场报仇的念头。他们闯入考场与小智和教官一片大乱斗，最后当然又被打跑了…

火箭队的亚马多与小三郎开设培育屋，利用替人照顾宝可梦的机会，搜集优秀的宝可梦。小智与火箭队的人不巧在那仓库碰面，而且被亚马多发现，两队人马都被送到警局。幸亏及时逃出的小霞找到阿彻拍的证据照片，才证明小智等人的清白。

为了获得第七个徽章，小智等人来到了红莲岛。但是那地方已经成为观光胜地，到处都没看到道馆。但是解开一个怪叔叔提出的谜题后，小智终于找到了红莲道馆！原来那怪叔叔就是道馆馆主，夏伯!

火箭队为了得到鸭嘴火兽在红莲道馆乱发射冰冻炮，害得岩石裂开，岩浆流出，眼看就要形成一场大灾难。夏伯命令鸭嘴火兽，小智等人也拿出自己的宝可梦来帮忙阻止岩浆流出。危机解除后，夏伯再给小智一次挑战机会，喷火龙与鸭嘴火龙便展开大对决……

小智等人遇到求救的卡咪龟，来到海中不知名的龟宝可梦王国。岛上的众龟全部不明原因昏睡，火箭队趁机来抢走龟王水箭龟…火箭队与乌龟群的大战就此展开…最后还查出了大伙昏睡原因是胖丁的歌声!

小智等人来到华蓝道馆，小霞被抓去表演水中芭蕾人鱼公主。火箭队也闯来捣乱，想抢走水属性宝可梦，但是被进化的白海狮打败。虽然如此，表演还是大受欢迎！

皮卡丘被制造火箭的皮皮给抓去当发动机。跟着小智偷偷到火箭的胖丁跟皮皮们发生争吵，打昏了好几个皮皮。最后火箭发动了，小智跟火箭队还在火箭上面呢！他们命运将会如何呢？

小智等人来到常青道馆挑战，遇到小茂。小茂先进入挑战，遇到火箭队老大拿出的神秘的宝可梦，遭到惨败。轮到小智挑战时，火箭队的武藏、小次郎和喵喵代替老大坂木担任道馆馆主，接受小智的挑战。当然，他们被小智打败了，小智于是得到第八个徽章。

马戏团长阿津找小智扮演魔墙人偶。因为她的魔墙人偶训练不当，不肯表演。火箭队的人不知情地把小智扮演的魔墙人偶抢走。小智表露身份逃回去，火箭队的人又卷土重来，想再次抓走魔墙人偶，而遭到阿津的魔墙人偶跟小智妈妈的魔墙人偶连手攻击，被哑剧制造出来的光墙给困死……

武藏为了报复14年前被拿走宝贝娃娃的事，跟踪帮助红唇姐回去圣诞老人小岛的小智一行人，计划抢走所有礼物以做报复。乘龙解救了圣诞老人与小智等人的危机，虽然误会冰释了，两人还是大打出手。最后武藏三个当然是惨遭修理啦！

小智一行人的旅途，被风雪阻碍地待在雪山当中，为了拯救皮卡丘，使得小智与小刚等人分散。宝可梦们共同度过寒冷，更借着宝可梦们的帮助而越过雪山……

小智一行人回到了大木研究所，在那里遇到了小智的劲敌小茂，众人一起顺便了解大木博士的研究生活。想要抢夺皮卡丘的火箭队这时又来捣乱，在研究所广大的庭院中迷路许久以后，他们终于遇上小智等人，可是双方还来不及大打出手，火箭队二人一猫就被横冲直撞的一群肯泰罗给撞飞了!

为了解开大木博士苦思不解的疑惑，小智一行人来到了风光明媚的比努海岸。借着西野森教授所饲养的呆壳兽及武藏所收服的大舌贝，让博士解开这进化之谜……

小智等人来到比努海岸做特训，小智在海中脚抽筋遇难时，幸好被敏川特与马奎尔救起。这一人一皮卡丘的组合，背后有着感人的故事。敏川特是否能战胜这20年一度的大海浪，为比努海岸创造一个的传说呢？

小智等人来到村雨植物园，妙蛙种子在那里喜欢上臭臭花，小刚在那里喜欢上这里的主人林子。林子有个烦恼，为了继成家业，应该进化的臭臭花迟迟没进化成霸王花。刚好火箭队又来捣乱，在小刚的鼓励下，林子拿出她的臭臭花应战……

南野导演为了拍摄由宝可梦们演出的电影，所有的宝可梦均一一地跃上大屏幕，以胖可丁及可达鸭领衔主演的爱情剧，在火箭队及小智们一番对战下而热热闹闹地开拍着。

宝可梦电影即将于宝可梦好莱坞上映，大伙热热闹闹地来到这喵喵不堪回首的伤心地。昔日的喵喵为了得到佳人的芳心，努力地朝"人类"迈进，学习人类讲话，学习人类走路，但仍是无法获得佳人芳心而只能独鸣悲歌。

为了习得四天王希巴的绝招，小智一行人来到了米亚查山；借着希巴替大岩蛇解除痛苦，而使得山中亦获得平静，让小智一行人了解到，与宝可梦们的心灵沟通比战斗收服来得更重要。

小智等人在波多罗山进行独立特训的时候，遇到了宝可梦考古学权威，天才少女怀特博士。考古挖掘现场挖出了超古代时期的胡地与耿鬼，体型巨大的两只宝可梦一闹起来，无人能挡，莫非世界就要毁灭了？

向宝可梦联盟前进的路上，遇见了被火箭队夺走徽章的斋藏及嘎啦嘎啦，小智一人更再次阻止火箭队的捣乱，顺利地将斋藏的徽章取回，更让斋藏及嘎啦嘎啦重修旧好。

宝可梦联盟传递的圣火，竟然被火箭队给盗走了；失去了圣火因而无法举行开会仪式的达马岚其会长，拿出了火焰鸟的火苗，就在联盟即将展开之际，火箭队又再次地出现了……

小智朝宝可梦大师迈进的第一战：石英大会的水之场地，以华丽战斗技巧的多武，派出了椰蛋树，海刺龙及大嘴蝠，均一一被小智的大钳蟹打败而取得了大胜利，小智的大钳蟹更进化成了巨钳蟹……

在第三场战斗之前，火箭队又利用巧妙的化妆术骗走了小智的皮卡丘，幸好小刚没有被武藏的伪装所迷惑，抢回了皮卡丘；与小正对战时，巨钳蟹反被风速狗的龙之怒所打败，借着皮卡丘的十万伏特融合着水产生更大的威力，而小智赢得了比赛，准备迎接第四回合的挑战……

一直与小智竞争的小茂，在比赛当中落败而使得小智心生惧意，同伴们的支持，让小智重新站上舞台，更与姑娘镇的熏子对战；连胜两次的小智没想到被喇叭芽以柔克刚的攻击连续落败，最后以臭臭泥，小智方得取得了胜利…

小智连战连胜。在战斗之外的闲暇时刻，偶遇同是参赛者的阿弘，两人成为好朋友。这时候宝可梦们却被闯入的火箭队抢走了。于是小智和阿弘联合起来展开大追逐，所谓不打不相识，两人因为共患难而加深友情，成为志同道合的好战友。

小智受到火箭队的阻扰，迟到十分钟才抵达会场。杰尼龟、皮卡丘都被打败了，最后小智把希望寄托在喷火龙的身上。可是喷火龙打倒小火龙之后，看到雷恩一个小不点的个子，居然战意全失，在会场上睡起觉来，使得小智输掉比赛。

小智受到打输的影响，沮丧得连饭都不想吃。但是他从电视上知道第六场比赛开打的时候，马上就赶去会场。第六回合开始了，阿弘要怎样运用六只宝可梦进行对战呢？称霸石英大会的人究竟会是谁?

回到真新镇，迎接小智的是一场盛大的庆功宴。而后，大木博士拜托小智一行人前往橘子群岛的岱柑岛取回内木博士的特殊精灵球，小智欣然应允。刚出真新镇，小智遇上了一群烈雀和波波族群争夺地盘，小智派出自己的比比鸟帮助它们。过程中，比比鸟进化为大比鸟。为了保护波波们，小智将大比鸟留在族群中。

小智一行人为了前往岱柑岛而在友好商店采购，他们在店里的抽奖中幸运地抽中特奖，三人直飞岱柑岛。他们上了飞艇，发现飞艇十分破旧，而且操纵飞艇的竟然是火箭队三人组。他们能平安到达岱柑岛吗？

小智一行人终于来到岱柑岛，他们在乔伊的指引下找到了内木的宝可梦研究所，并且在研究所的后院观赏到了许多与图鉴上的样式不同的宝可梦。为了帮助内木，并且加深自己对于这些独特的宝可梦的了解，小刚决定留下来。返程时，当小智和小霞来到飞艇站时，迎接他们的竟是一艘崭新的飞行船……

小智和小霞随着飞艇降落在澎柑岛，他们看见三个不良少年在欺负一只拉普拉斯。就在小智要为了救拉普拉斯而与不良少年战斗时，一位宝可梦观察家小建出现暂时打断了战斗。不良少年被小智赶跑，小智一行人也将拉普拉斯送至宝可梦中心治疗。而此时，火箭队也看中了这只拉普拉斯，他们要抢走拉普拉斯。拉普拉斯的命运究竟如何？

小智一行人来到夏干道馆向道馆馆主敦美挑战。在比赛的时候，火箭队又出来捣乱。在一场混乱后重新开始道馆战，拉普拉斯的表现出人意料，打败了水箭龟。

亚马多和小三郎利用引梦貘人的超能力，催眠金柑岛上所有宝可梦加以捕捉。小智为了救回皮卡丘，和君莎小姐等人一起对抗引梦貘人的超能力，处于劣势的小智等人会有何下场呢?

小智一行人这次来到椪柑岛、发现正美漂流到海上的瓶中信、为了让哥哥得到灵感希望能够得知大岩蛇的消息、经过小智一行人的努力、终于让哥哥阿功找到大岩蛇、得到制作水晶制品的灵感。

小智一行人这次来到了罕见的平柑岛、岛上的宝可梦全部都是粉红色的、火箭队一行人自然不会放过这个千载难逢的好机会、在小智等人齐心协力之下将他们赶走、继续让平柑岛保持神秘、留给这些粉红色的宝可梦一个宁静的生存空间。

小智一行人乘坐拉普拉斯向下一个岛前进时，一艘快艇路过。跟随快艇，小智他们得知这是一个考古团队，他们要来富拉四号岛找寻化石宝可梦化石盔的化石。在进发的途中，似乎一直有人在暗中阻止考古队前往发掘。最后，小智抓住了这个搞破坏的人，他劝大家不要破坏小岛，否则会有灾难发生……

听说有宝可梦的表演，小智一行人上了宝可梦豪华邮轮，这上面表演为宝可梦配音的表演秀。一位年轻的演员凯儿似乎和她的宝可梦雷丘相处的有些问题。小智被请求帮助凯儿和雷丘，然后火箭队出现，企图夺走船上的宝可梦。

在哈撒岛，小智一行人遇到了另一位水属性宝可梦训练家小桩，她救起了小霞落水的可达鸭，她告诉小霞可达鸭有进化的征兆。小霞和小椿展开宝可梦对战，对战中小霞发现自己的可达鸭似乎进化为哥达鸭了……

小智一行人正在橘子群岛航行，突然，他们看见了一位乔伊飞快地向前划着船。小智紧跟其后，追至一座小岛。这位乔伊护士是为这些野生的宝可梦做巡诊，而独自留在这座无名岛上。乔伊提供小智一行人的饮食并治疗了疲惫的拉普拉斯。为了报答恩泽，小智一行人决定帮助乔伊诊疗……

来到奈普鲁岛挑战奈普鲁道馆的小智一行人在岸边遇见了一位叫小丹的训练家。他和小智一起进入奈普鲁道馆，却发现一块告示，必须靠自己的力量爬上山才能比赛。小智和小丹开始爬山。到了山上，小智才知道小丹就是奈普鲁道馆的馆主。等待小智的是一场三回合的比试，小智结果如何呢？

小智一行人来到了盛产文旦的果实七岛，他们因为小误会而认识了岛上负责种植果实的奈奈。这时，他们看见一只饥饿的卡比兽正大肆吃着文旦。没有办法阻挡它，它很快就把第一座岛的文旦全部吃完了。没有满足的卡比兽开始游向第二座岛。因为这只大胃王卡比兽，果实七岛陷入了前所未有的危机……

小智一行人来到了斯达奇岛，大木博士告诉小智这里有新发现的古代橘子联盟冠军奖杯。当小智第二天前去参观时，发现奖杯被火箭队偷走了。为了夺回奖杯，小智一行人跟随火箭队来到一艘幽灵船……

火箭队试图在海上抢夺皮卡丘却再次失败，三人被杰尼龟的水枪打飞。喵喵飞到了神秘猫之岛，岛上的人把喵喵误当成幸福的喵喵神。为了防止自己的幸福被干扰，喵喵派人将登上岛的小智一行人和武藏、小次郎赶下岛去。就在喵喵享受幸福时，岛上的民众要求喵喵使用聚宝功这个喵喵不会的招式，甚至为了让喵喵学会，将喵喵扔至竞技场。喵喵真的能得到幸福吗？

小智一行人来到有大量昆虫宝可梦的马科特岛，他们看到了一只身受重伤的飞天螳螂。小智企图收服它却失败了。小建利用毛球的催眠粉抓住了飞天螳螂并送至宝可梦中心。另一方面，武藏因为发型被飞天螳螂群破坏而和小次郎将飞天螳螂们抓获。为了救那些飞天螳螂，小建新收服的飞天螳螂不顾身上的伤而出发了……

小智一行人发现了一座长满树果的小岛。有充足的食物，小智决定给宝可梦放个假，他们把所有的宝可梦放了出来。本决定放假的火箭队却因为看见了小智等人的宝可梦而放弃休假，有准备对宝可梦下手。疏于防范的小智一行人会被火箭队得逞吗？

小智刚到小橘子岛就连续遭遇了几场对战，连续的胜利让小智得意忘形了。这时，他们遇见了四天王中的科拿小姐，小智立刻向科拿发出挑战，但没有被回应。在和其他人的交战中，小智的喷火龙失控，科拿使用呆壳兽稳定了喷火龙，也让小智认识到科拿的能力。观摩了科拿的示范比赛，小智仍想和科拿对战，结果又会如何？

来到洋贝拉市的小智一行人先遇到了一位在寻找尼多兰的女生，后遇到一位寻找尼多朗的男生，之后发现他们俩的宝可梦相爱了，可是两位训练家的关系却相当恶劣。为了把相爱的两只宝可梦撮合到一块儿，憧憬恋爱的小霞要用手段让两位训练家和好。她做得到吗？

为了前往柚子道馆，小智一行人来到大平原。突然间，乌云涌起，雷阵雨转眼就来了，这时一名放牧小磁怪的牛仔佛得出现，给小智一行人提供了避雨的场合。附近城镇的君莎打电话说城镇因为电光而停电了，希望小磁怪们过来帮忙。正当佛得出发时，火箭队登场抢夺小磁怪。小智和佛得赶走了火箭队，但佛得受伤，将差事托付给小智。小智能否成功完成运送小磁怪的任务？

横穿小橘子岛的小智一行人终于抵达比格市，却因为火箭队的陷阱而落入大都会的下水道。在下水道里，小智的妙蛙种子被一个怪物掠走。小智等人刚从下水道爬出来，就被君莎逮捕。听说下水道怪物的传闻，被释放的小智更迫不及待要救妙蛙种子。可是市长却不惜封住下水道也不准人进下水道，这是为什么？小智的妙蛙种子能否得救？

小霞在柚子岛海边救了柚子道馆馆主阿义的妹妹玛莉，在阿义向小霞表达谢意并请她跳舞时，小智向他挑战。阿义要先测试小智宝可梦招式的熟练度。小智完美通过测试并得到约定，第二天进行比赛。当夜，阿义和玛莉诚挚邀请小霞留在柚子道馆。小霞是否会离开小智的团队？小智能不能得到第三枚徽章呢？

小智一行人来到大椪岛后中了火箭队的陷阱。皮卡丘被火箭队抓走并和喵喵连在一起。就在火箭队得意之时，喵喵和皮卡丘被大比鸟抓走。喵喵和皮卡丘挣脱大比鸟，却完全找不到回去的路了……

小智一行人在海上航行时遇见了一位宝可梦训练家小英。小英向小智发起了挑战。小英使用的是一只蚊香泳士，靠着强大的实力赢了小智的皮卡丘。小智派出尚无法控制的喷火龙，结果喷火龙被蚊香泳士的冰冻光束冰冻了，生命垂危。小智不顾输了比赛，一心抢救喷火龙。喷火龙能被救过来吗？第二次战斗他能够战胜小英吗？

小智一行人刚来到蜜柑岛，就遇上了一起火灾。小智的杰尼龟和小霞的海星星前往灭火，但是火势过大。幸好卡咪龟消防队赶到，救出了小智和小霞并扑灭了大火。小智的杰尼龟不服气，要和卡咪龟比试。火箭队这时将杰尼龟和卡咪龟消防队还有皮卡丘全部掠走了。可是这时，城里又发生火灾了……卡咪龟消防队被劫走了，火灾能否及时扑灭呢？

小智一行人因为海流而滞留在香橘岛一周，食物几乎都吃完了，就在他们在野外找食物时，草属性宝可梦训练家小顺向小智发起了挑战，饿昏了的小智不小心派出了卡比兽，还把它的精灵球摔坏了以至于无法收回卡比兽。听说最近的宝可梦中心在山的另一边，小智一行人开始努力把睡得正香的卡比兽拖到山的另一边去……

小智一行人来到榴柑岛，小智被一位女士当成了自己的儿子。火箭队驾驶机器人前来突袭，小智和女士合力打败了火箭队。原来这位女士是琉璃道馆的道馆馆主，这是小智在橘子联盟前的最后一个目标了。道馆的比赛要求是双打，面对从未进行过的比赛，小智将如何应对？

小智一行人在海上遇见了一位开潜水艇的老爷爷，他在跟随一大群鲤鱼王。小智跟随他到甜柑岛，才知道他是宝可梦观察家绿河，是为了观察鲤鱼王的回游和进化而来的。同为观察家，小建决定帮助绿河，解开鲤鱼王的进化之谜。火箭队为了组建暴鲤龙军团准备对鲤鱼王下手，他们会得逞吗？

小智和小建在外地吸入了霸王花的麻痹粉，高烧不止。小霞通过图鉴知道要寻找阿西蕾水草来治疗他们。与此同时，武藏也因为吸入霸王花的麻痹粉而让小次郎和喵喵出去找阿西蕾水草。敌对的双方在池塘边碰面了，为了拯救同伴，双方都不惜拼命一战。到底哪一边能够成功救下同伴？

终于，小智一行人来到了柑橘岛，向橘子联盟的胜利者杯发起了最后的挑战。小智要和一位带有快龙的首席馆主勇次进行6对6的全员大对决。首次进行的比赛形式，强大的宝可梦，小智会如何应对呢？

小智在橘子联盟胜利者杯的比赛中，使用巧妙的战术，用和宝可梦的默契成功击败了首席馆主勇次的前五只宝可梦。勇次的第六只宝可梦快龙终于登场了。和最终的胜利者杯仅一步之遥，但是面对强大的宝可梦快龙，小智能否用剩下的四只宝可梦战胜它，取得胜利呢？

小智一行人在海上航行时，发现了一群拉普拉斯，就在小智的拉普拉斯靠近时，拉普拉斯群立刻逃离了。小智在附近的宝可梦中心听说是肥圈和痩精组成的盗猎团所为，就连火箭队也被盗猎团所伤。为了保护拉普拉斯，小智决定彻底击破盗猎团。

小智一行人要来到凸橙岛搭乘联络船，但是凸橙岛被封锁了，连接岛的桥梁也突然发生了爆炸。小智乘小船来到岛上，他们发现岛上城市完好，但是没有一个人，取而代之的是一大群会爆炸的顽皮雷弹。面对一触即发的危险，小智他们会怎么处理呢？

小智终于回到了自己的家乡，真新镇。他在家里意外的见到了老朋友小刚。小智和众人来到大木研究所将ＧＳ球交给大木博士，火箭队却突然袭击研究所。就在小智等人都被困住时，小茂回来了……

小智和小茂开始战斗，小茂使用的未进化的伊布把皮卡丘击败了。战后，小智从大木博士那里得知了小茂前往城都地区挑战宝可梦联盟，决定也要前往。大木博士顺便让小智带着ＧＳ球去桧皮镇交给精灵球铸造师钢铁。小建表示要留下来做大木博士的助手。小智、小霞和小刚再次一起开始了新的旅程。

小智一行人来到了若叶镇，前去登录城都联盟。因为负责登录的乔伊去了空木研究所，小智也前去研究所。他们得知为新人训练家准备的小锯鳄被偷走了，于是前往搜寻。果然，犯人又是火箭队三人组……

开始新的旅程的小智一行人遇到了持有菊草叶的新人训练家奈奈。由于奈奈是一个棒球球迷，但小智说了她所喜欢球队的坏话，使她向小智提出挑战。之后小智使用喷火龙轻松地击败了奈奈的三只宝可梦。难过的奈奈被火箭队挑衅，决定再和小智比一次，但这实际是火箭队的陷阱……

小智在一片正在枯萎的森林中发现了一群赫拉克罗斯，正当小智要收服它们时，森林警备队的森男出现阻止了他。他告诉小智因为未知的原因，森林中的凯罗斯开始离开自己的领地而侵占赫拉克罗斯的领地了。为了弄清这个原因，小智和森男前往调查。果然，这还是火箭队在作怪。

小智一行人在一座小山谷中发现了一只年幼的顿甲。正当小智要收服它时，它的主人衣其小姐出现阻止了小智。知道这里的顿甲有找寻玛瑙的能力，火箭队抓住了这只年幼的顿甲。为了拯救顿甲，小智、小刚、小霞决定帮助衣其小姐。

小智一行人在迷惑森林中迷路了，偶遇的小茂告诉他们要通过森林必须借助咕咕的力量。小智追逐一只咕咕来到租赁咕咕的铃金的家。得知只剩下一只无法独当一面的咕咕，小智还是租了。这只咕咕不仅不能驱散迷惑森林的幻觉，还很胆小。小智能否顺利穿过森林呢？

小智一行人来到了以街头表演出名的东门镇并决定要去看看表演。他们看见了两只跳舞的美丽花。它们有一个动作一直做不好，小智想帮助美丽花的主人阿丽练习那个动作好参加镇上的表演大赛。可是火箭队仍旧屡屡妨碍小智等人。美丽花们能学会最后的动作吗？

来到圆丝蛛镇的小智一行人被圆丝蛛的丝包裹了起来。小智从君莎那里得知，有号称“二代猫八”的怪盗在附近作案，而且君莎还邀请小智一起办案。这时，一封犯罪预告书被发现，小智能否守护盗贼觊觎的宝物？

小智一行人在天母镇遇见了一只有钱人家的布鲁。在它的主人金妇的豪宅中，小刚发现布鲁并不快乐。这时，火箭队溜进了金妇的庭院。布鲁似乎对喵喵的尾巴十分喜爱，一直咬着不放。为了把布鲁送回主人手中，小智再度和火箭队交手……

小智一行人在鹿角镇的鹿角公园中看见了一只受伤的小惊角鹿。小刚正要为它处理伤口，忽然一群惊角鹿向小智一行人冲了过来。在警察局，小智一行人再一次看见鹿群，不过小刚发现这只是小鹿造出的幻影。小刚治好小鹿，依依不舍地和小鹿分别。这时火箭队却盯上了小鹿……

小智一行人在旅行的途中遇见了一只野生的菊草叶。小智想要收服它，而且菊草叶也想向小智发出挑战。这只菊草叶一直不服输，直到遍体鳞伤。小智急忙把它送到宝可梦中心。看见充满斗志的菊草叶，火箭队也想将它纳入自己的麾下。到底谁会得到这只菊草叶？

在吉花市的河边，小智的GS球被野生的沼王抢走，正当好不容易夺回GS球的小智要收服沼王时，君莎逮捕了小智一行人，因为沼王对于吉花市来说特别重要。沼王只是喜欢拿走圆形物品，第二天这些物品都会在出现在河上。之后，GS球再一次被沼王抢走的小智决定跟踪沼王一查究竟。

小智一行人正要过一座桥，不料桥突然崩塌。他们正巧遇上芭瓢虫的训练家小诚，小智借用芭瓢虫过了河。小诚也邀请小智观看她的芭瓢虫的工作，为果树授粉。火箭队出现抢走了小诚操纵芭瓢虫的笛子，并扰乱芭瓢虫使它们离开小诚。小智要帮忙找回芭瓢虫。

深夜赶到快乐镇宝可梦中心的小智一行人受到了宝可梦护士——一只热情过度的幸福蛋的照顾。因为幸福蛋的手忙脚乱，小智饿着肚子睡觉了。同样饥饿的火箭队来到宝可梦中心偷食物，武藏惊讶地发现宝可梦中心的幸福蛋竟然是自己在宝可梦护士学校的同学。因此，幸福蛋帮着火箭队搬运食物。第二天，当乔伊责怪幸福蛋偷食物时，火箭队又带着食物回来了。他们要干什么呢?

小智一行人来到了桔梗市的一所宝可梦学校并向那里的同学展示了自己的宝可梦。就当学生们要组织前往喇叭芽之塔参观时，一名学生——小翔抢走了小智的精灵球并要收服皮卡丘。小翔被小智追上时，他把喇叭芽误当成皮卡丘收服了。火箭队再次来抢皮卡丘，却被打飞至喇叭芽之塔。一个更大的阴谋在塔里面诞生了。

小智在前往桔梗道馆的途中被火箭队抢走了皮卡丘，桔梗道馆的道馆馆主阿速救下了皮卡丘。来到桔梗道馆，小智要面临的是一场三对三的比赛，对手是想成为鸟宝可梦的阿速，小智会如何应对？

小智一行人在河边遇到一只有主人的玛力露，它十分爱哭。火箭队开车前来捉走了皮卡丘和玛力露，玛力露因此大哭，而车子也在哭声的影响下失去了控制。最终火箭队一行被炸飞而玛力露和皮卡丘也将落入河中，这时，小霞跟着下去救两只宝可梦，玛力露的主人也赶到了。当小霞上岸时，她已不知道小智他们在何处了……

在小智一行人在路边午睡时，火箭队驾驶着用他们全部积蓄造的怪怪阿柏号机器人向小智前进。在火箭队出来休息时，小霞的波克比和一只尾立溜进了机器人驾驶室并开启了机器。小智和火箭队都想阻止机器人的前进，结果皮卡丘和喵喵也进到了机器中，机器仍停不下来。眼见着机器人要驶向一座城镇，小智他们能否让机器人及时停下呢？

小智在山谷中遇到了使用喷火龙的纪珂，纪珂要带领小智一行人前往喷火龙山谷。小智的喷火龙载人飞行的能力不强，而且在喷火龙山谷之中又被里面的喷火龙多次打败。但是这样，喷火龙似乎斗志仍不减，它要留在喷火龙山谷锻炼自己以成为世界最强的喷火龙！

小智一行人在阳光镇的郊外遇到千纱小姐。千莎带小智一行人回到家里，并向他们介绍了向日花怪选美会。看到千纱想要派去参赛的向日花怪无精打采，小智决定帮助千纱，在喵喵的翻译下，小智解决了向日花怪的心情问题。这下千纱能拿到选美大赛的优胜吗？

在和补习班学生的对战中，小智的菊草叶和对手的拉达都已受重伤，这时小智想换皮卡丘上场。菊草叶因此不高兴了。宝可梦中心的乔伊试图为菊草叶进行心理治疗，但是并不奏效。菊草叶趁大伙儿睡觉时离开了，皮卡丘为了拉回它也跟了出去。外面既有凶暴的野生宝可梦，又有火箭队的搜捕，小智的菊草叶能够安全地被找回吗？

向桧皮镇进发的小智一行人遇见了梓美和她的毽子草们并跟她来到了她的气象小屋。在击退火箭队的骚扰后，梓美发现一个大龙卷风向小屋吹来。龙卷风不仅破坏了小屋，还把毽子草吹散。小智一行人开始帮助梓美找回毽子草。

小智一行人中了火箭队的陷阱，就在这时，一位自称天蝎人的男子和一只天蝎救了他们。来到附近的天蝎镇，小智在一家玩具店找到了天蝎人的扮演者阿永和他的女儿由香。阿永想让由香承接他的天蝎人称号却被拒绝。火箭队再次袭击并困住了小智和阿永，这时，天蝎少女出现了……

小智一行人在野餐时遇见了一群咩利羊，并来到了咩利羊主人爱莲的家。爱莲的女儿香莲想要参加宝可梦联盟，但是爱莲因为女儿太小而阻止。在放牧时，火箭队出现抢夺咩利羊和皮卡丘，香莲要在妈妈面前证明自己的实力而与火箭队一战。

小智在森林中遭遇了巨钳螳螂的偷袭，原来这是一位训练家村正想确认小智的能力。来到村正的道场，村正希望小智能通过和儿子新吾战斗让他了解战斗不是看着电脑整理资料。但是新吾却自负地拒绝挑战。火箭队前来偷窃新吾的资料而被新吾打跑，这时新吾终于答应了和小智的战斗。一边是用数据战斗，一边是热血沸腾的指挥，到底谁会赢？

小智在森林里听说了森林中有火球鼠，就不顾一切地和皮卡丘一起搜寻起来。火箭队造了一个铁甲喵喵机器人前来捕捉皮卡丘，在火箭队的追逐下，小智意外地发现了火球鼠。这时另一位训练家要和小智争夺火球鼠，而火箭队也要得到火球鼠。到底火球鼠会归属于谁呢？

小智一行人终于来到了桧皮镇，这里遭遇了大日照。跟随而来的火箭队为了找水挖到了呆呆兽之井，他们想捕捉这里的呆呆兽。小智为了完成任务去找钢铁先生，却被告知他去了呆呆兽之井，小智赶到呆呆兽之井，发现了一位被火箭队打败的大叔。小智再次和火箭队交锋了。

小智一行人来到钢铁先生的家把ＧＳ球交给钢铁，但是钢铁先生也表示自己不知道这个球。此外，为了让钢铁先生帮忙制作一些有特殊功效的精灵球，小智一行人随千惠来到后山采摘球果。但在山上等着小智的是火箭队的陷阱……

小智终于来到桧皮道馆进行挑战，这间道馆的道馆馆主是专攻虫属性宝可梦的阿笔。比赛开始，小智使用的他现在唯一的火属性宝可梦火球鼠，但却因它一直无法燃起斗志而处于下风。面对强大的对手和无法攻击的宝可梦，小智要如何作战？

进入栎树林的小智一行人看见了正在训练大葱鸭的烧炭屋学徒尚人。因为不愿听从尚人的指挥使用居合斩，大葱鸭逃离了尚人，但是它又被火箭队盯上了。了解了详情的小智决定派出所有宝可梦帮忙寻找大葱鸭。大葱鸭能找到吗？

听说了叶之镇有宝可梦交换会，小智一行人决定去看一看。在那里，小智赢得了肯泰罗大战。他们新认识的训练家阿德想和别人交换自己的果然翁，但是一直没有人愿意交换。与此同时，火箭队在使用假的宝可梦交换机骗取训练家们的宝可梦。果然翁能否成功交换？火箭队的阴谋又会如何继续呢？

恰逢宝可梦消防大赛，小智也准备参加比赛。在赛前准备时他遇见了橘子群岛的拉塞尔和他的卡咪龟队以及首次参赛的君莎和她的杰尼龟队——小智的杰尼龟曾是它们的老大。杰尼龟们似乎很紧张，但只要有小智的杰尼龟指挥，它们就十分出色。为了杰尼龟队的胜利，小智让自己的杰尼龟重回杰尼龟队，以帮助它们成为冠军消防队！

小智一行人在乌波的保育园遇到了娜娜和她的乌波们。娜娜因为她的母亲摔倒而要去医院，将乌波暂时交给小智一行人照顾。好不容易将淘气的乌波们带到水池的小智等人发现还有一只乌波没有来，那只乌波竟然跑进了森林，还偷吃了火箭队的食物。火箭队又动了抢夺的念头……

火箭队想要过大岩蛇洞窟，他们准备抢夺小霞的宝可梦。胖丁突然出现并用唱歌，催眠了火箭队和小智一行人，跟随火箭队的布鲁也被催眠并涂鸦。生气的布鲁抢走了胖丁的麦克风，并追上了火箭队。小智一行人看见难过的胖丁，决定帮胖丁找到麦克风。武藏和小次郎想留下布鲁，害怕被咬尾巴的喵喵则赌气离开火箭队……

小智在森林中休息时发现包包不见了，来到附近的城镇，发现乔伊刚买的火腿也被偷了，而且两个现场都有相同的脚印。为了找出小偷，小智一行人设了一个圈套。结果，那些小偷出现了，它们是戴鲁比。

小智一行人在钓鱼时，一只突然出现的小锯鳄引起了小霞和小智的注意。两人同时使用诱饵球扔向小锯鳄，虽然抓住了它但是却不知道那个精灵球属于谁。为了公平地决出小锯鳄的归属权，小智和小霞决定进行战斗，赢的人得到它。

小智在一所宝可梦中心听说有个强大的训练家在找人挑战，在一座桥的桥头，他们遇见了那位使用盔甲鸟的训练家。她的盔甲鸟轻松地击败了小刚的六尾，接着小智使用火球鼠向她挑战，结果火球鼠一直处于劣势。火箭队的袭击打断了比赛。为了让火球鼠变得更强，小智开始了特训。

小智一行人在湖边休息时，小锯鳄找到了一只玛力露丽，小锯鳄十分喜欢玛力露丽，但玛力露丽并不喜欢它。原来这只宝可梦是宝可梦演艺团的明星，不知因为什么而常常逃跑。火箭队盯上了这只玛力露丽，并把它和皮卡丘一起偷走了。为了救心爱的玛力露丽小锯鳄坚持追了下去。

在栎树林中的小智一行人遇到了一直在试图捕捉一只颜色特异的猫头夜鹰的阿酉。小智也想要捕捉这只猫头夜鹰，但是由于猫头夜鹰太过聪明，小智根本无法抓住它。火箭队听到了这个消息，使用大型的机器人抓住了猫头夜鹰。小智奋不顾身地将猫头夜鹰救了出来，和宝可梦们合力打败了火箭队。被救出的猫头夜鹰向小智提出了挑战，在赢得挑战后，小智成功收服了这只异色猫头夜鹰。

小智一行人把所有的宝可梦放出来休息，却被火箭队全部抓走。这时，一大群圈圈熊突然出现，暴走的它们意外地将被抓住的宝可梦解放出来，可是却也气势汹汹地冲了过来。忙乱中，小霞和小次郎一起逃跑，武藏和小智、小刚呆在了一起。昔日的敌人在圈圈熊的追击下要怎样逃出森林并且和同伴汇合呢？

小智一行人在森林中遇见一只麒麟奇和它的训练家杰莉。在进行对战输给小智后，杰莉带着小智来到超能镇，镇上的居民都使用超能力属性宝可梦驱赶鬼斯通。这时，小智他们听说有一只不怕超能力属性的耿鬼正在朝镇子移动，他决定和杰莉一起阻止这只巨大的耿鬼。

在宝可梦中心，小霞听说了宝可梦占卜书的事，小智一行人随即来到一家宝可梦培育屋购买占卜书。受占卜书的影响，小霞因为被指出属于暴鲤龙而十分愤怒，就连袭击的火箭队三人组也被她的海星星打飞。捡到占卜书的武藏指出小次郎对应的宝可梦是火焰鸟，这使小次郎产生了极大的自信，他带领武藏和喵喵前往抢劫培育屋，却被同是火箭队的亚马多和小三郎抓住了。怒火未息的小霞来找培育屋询问情况，她和小智、小刚发现了里面的秘密，准备趁火箭队内斗时救走被骗的宝可梦。

终于来到满金市的小智一行人在看到道馆休假的通知后，决定前往百货公司。正当他们不知如何前往时，一位皮皮的训练家，小茜热情地为他们带路。几经周折后，他们终于到了百货公司。小智救回被火箭队偷走的皮皮后得知小茜就是道馆馆主，随即向她挑战。首战满金道馆，小智在打倒小茜两只宝可梦的情况下，被小茜最后一只宝可梦——大奶罐逆转击败三只宝可梦而告负。

首战失利的小智在道馆馆主小茜的带领下来到了一座大奶罐的牧场哞哞牧场，小智想要了解大奶罐以找出击败它们的方法。火箭队在偷窃食物被阻止后，开动滚筒机器前来偷大奶罐。小智指挥宝可梦，用巧妙的战术赶走了火箭队。这时，小智似乎想到了什么，他向小茜再一次发起挑战。面对可以一挑三的大奶罐，小智真的有把握能赢吗？

小智因为获得了常规徽章而受到满金市的广播电台的邀请，前往播音塔进行广播采访。火箭队也化妆为嘟嘟利堂的演员潜入收讯塔，并无意中破坏了广播剧的录音带。小智一行人和火箭队在广播台的请求下帮忙重录广播剧。

小智在自然公园听说这里在举办捕虫大赛，于是也报名参加，他在里面遇到了同样参赛的奈奈。活力充沛的奈奈指挥菊草叶到处作战，使得菊草叶十分疲倦，想要逃离奈奈，奈奈在小霞的教导下认识了错误。火箭队抓住了小智和皮卡丘，为了救小智，奈奈的菊草叶开始进化了……

朝缘朱市进发的小智一行人被河流挡住了去路，河上的桥梁正在修建无法通过。沿着河岸走，他们遇见了一位正撑着一只船的老渔民。老人开出了条件：只要给他看树才怪，他就送小智一行人过河。正在他们在山中搜寻那只稀有的宝可梦——树才怪时，他们看见了两位研究人员在山上争论树才怪的属性问题。小智加入了他们的研究并找到了一只树才怪，他们要亲自弄清树才怪是什么属性的。

小智一行人来到了阿露福遗迹遇到了大木博士，他的一位学生佐竹请大木博士来见证一个关于宝可梦化石的大发现：生活在史前的被认为已经灭绝的水属性宝可梦其实一直存活至今。突然地，遗迹内的研究设施的用水突然中断了，小智等人发现原来这是火箭队通过抽水捕捉菊石兽造成的。小智要保护这些稀有的化石宝可梦。

在一座小镇附近，小智救了一只被大嘴雀追赶的波波。原来这是一只波波店的波波，小智把波波送还给他的主人小渡。这时波波店收到传讯，前往冲野岛送药品的波波还没有到，小渡和小智一行人决定去调查，结果居然又是火箭队在捣乱。

为了躲避一场暴风雨，小智一行人跑进了一幢在山崖边上的古堡。原来这是一间诊疗所，医生安娜小姐运用宝可梦的能力为人们诊疗。小刚为了帮安娜，让自己的超音蝠也利用超音波为病人做诊疗。闯入偷盗食物的火箭队三人组被小智撞见，小智等人开始追火箭队，小刚和安娜在追逐火箭队的过程中和火箭队一起落入古堡的地下迷宫。在机关重重的地下迷宫，小刚和安娜开始依靠超音蝠的力量寻找出口。

看见了小智的妙蛙种子的战斗，一位格斗道场的掌门看上小智的妙蛙种子的格斗素质，想要让妙蛙种子与孙女的战舞郎决斗，企图点醒孙女格斗术上的迷思。就在妙蛙种子与战舞郎准备对战时，士郎带着飞腿郎来踢馆。三两下就被士郎的飞腿郎打倒，比赛就要分胜负时，火箭队的出现打断了比赛并使比赛延期。为了打倒飞腿郎，妙蛙种子与战舞郎展开特训。

小智一行人在丛林的温泉放出所有宝可梦休息，正在玩球的菊草叶、火球鼠、小锯鳄却为了追逐滚出去的球，越跑越远，到最后竟然迷路了。这时候火箭队的武藏正在和小次郎与喵喵到处找温泉，无意中碰到三只追球的宝可梦，以为温泉就在附近，一直跟在后面。结果火箭队和三只宝可梦误进山洞而走失了。

小智一行人来到了金鱼王垂钓大会，小智和小霞都报名参加了。小霞遇到了一位使用蚊香泳士的训练家时夫，他的蚊香泳士欺负了小霞的蚊香君，还嘲笑小霞的宝可梦弱小。小霞咽不下这口气，决定要在钓鱼大赛中击败时夫。火箭队也准备正式参赛。大赛结果会如何呢？

小刚在检查电子信箱时，发现送给自己六尾的宝可梦饲育家小雪要来参加一个宝可梦选美大赛。小刚决定把六尾还给小雪，并帮助小雪参赛。与此同时，火箭队也准备参赛，只不过因为顺序过后，再次出来捣乱。选美大赛会如何进展下去呢？

因为吃了太多，小智突然觉得肚子痛。这时一位老人出现了，他给了小智几颗药丸。小智服用后立刻好转了。小智等人来到这位自称叫做壶壶老人的家中，发现他使用壶壶来制药。小智得知颜色不同的壶壶可以做出神奇的药，他决定跟随老人的喇叭芽波奇一起寻找壶壶。

小智一行人在途中遇见了小茂，小茂的伊布已经进化成月亮伊布了。在来到一家宝可梦中心不久后，小智所在的城镇突然停电。仔细调查后发现是火箭队占据了发电厂才会使镇上电力都消失了。为了使城镇恢复供电，小茂第一次决定与小智合作。他们能击败火箭队的新型机器人吗？

小智一行人在途中遇见了一个男孩士郎和安瓢虫，他是森林巡逻队的见习生。这时火箭队突然出现把波克比和皮卡丘抓走了。士郎和小智在强风中拼命追逐火箭队，他们有办法救出波克比和皮卡丘吗？

小智一行人在森林中用午餐时发现了一只果然翁，他们下意识地开始寻找周围是否有火箭队，结果有一大群果然翁出现了。原来他们来到了果然翁之村，当天正是果然翁的庆典。拥有果然翁的火箭队也受到了热情的招待。这时，有三个不良青年来捣乱，可是根据习俗，村子里在庆典当天不能进行宝可梦对战。正当他们大肆捣乱而小智一行人束手无策时，火箭队自愿打破规则与三人对战。

小智一行人在宝可梦中心再次遇见了百变怪的训练家伊美蒂，得知她现在已经有第二只百变怪了，被她称作百变瓢。不过这只百变怪的变身后的大小一直保持原样。看见这只百变怪，火箭队又想到了一个阴谋，他们要偷走这只百变怪。小智他们能够破解这个阴谋吗？

在河边休息的小智一行人看见河对岸金妇的布鲁跑了过去。接着，小智一行人遇见了金妇和她的仆人。金妇为了找布鲁而外出旅行，无意中身体变得十分强壮。布鲁找到了火箭队的喵喵并咬了它的尾巴，听到喵喵说它讨厌布鲁后变得无精打采。小智和金妇找到布鲁并来到宝可梦中心，布鲁在诊疗时逃跑。等小智再次找到布鲁时，它已经进化了。

正在湖边休息的小智和小刚突然听到去散步的小霞的尖叫声，他们立刻赶了过去。原来是一片灌木丛中藏着一只阿利多斯。然后，浅红道馆道馆馆主阿桔的妹妹阿雅正在这里训练。跟随阿雅，小智一行人来到宝可梦忍术学园并且获得了试入学一天的招待。宝可梦忍术到底是什么呢？

小智一行人遇见了小广和他的蜻蜻蜓。小广和他的蜻蜻蜓感情非常好，但是蜻蜻蜓常恶作剧把镇上的玻璃都震碎，这让家里开玻璃店的小广伤脑筋。在镇上居民和他父亲的勒令下，小广将蜻蜻蜓放归野生环境。没想到火箭队把他放归野生环境的蜻蜻蜓带走并且利用它来破坏玻璃，再从中谋利。到底小智等人有办法把蜻蜻蜓抢回来吗？

在去缘朱市的途中，小智一行人看见了很多草属性宝可梦，并且遇见了一位使用毽子花的少年，小实。小实提出请求让小智和他对战，但是输给了小智。小实邀请小智一行人到家并告诉他们草属性宝可梦锦标赛的事。兴致勃勃的小智也打算参加，并且是以冠军为目标……

小智一行人来到一处果园。没想到果园主人安珠误以为皮卡丘是偷水果的小偷，幸好小智等人查出原来是皮丘们饿的受不了才偷吃。小智想办法让皮丘们能在果园中帮安珠的忙。此时，火箭队又跑出来想把果园中全部的水果抢走。皮丘们勇敢地跑出来要保护果园。到底小智他们有办法阻止火箭队的计划吗？

小智一行人突然受到火箭队的攻击，虽然勉强把火箭队给赶跑了，但是这时波克比却不见了。只留下波克比和神秘的宝可梦的脚印。到底小智等人有办法找回波克比吗？

小智一行人抵达缘朱市后，小智直奔缘朱道馆，但是他们竟然迷路了，把烧焦塔当成道馆冒然闯入。突然间小智看见塔内燃起大火，原来这是塔内的鬼斯和鬼斯通在作怪。这时，使用耿鬼的道馆馆主松叶救出了小智一行人。尾随而至的火箭队抢走了皮卡丘和波克比，正在逃跑时被耿鬼打败。皮卡丘和波克比被成功救下。

小智在缘朱市道馆的道馆战开始了，缘朱道馆的道馆馆主松叶的宝可梦是难缠的幽灵属性宝可梦。虽然打败了对手第一只宝可梦鬼斯，可是火球鼠和皮卡丘却一个一个被打倒。只剩下最后一只猫头夜鹰……

在匆匆吃完饭后，小霞注意到一张海报上写着正在举办一个茶道会。这时，她发现了一只伊布，伊布的主人樱花随即赶来。茶道会就在樱花的家中举办，樱花也邀请三人参加。在茶道会上，小霞了解到樱花和自己一样是姐妹中的幺妹，而且樱花想和小智等人一起旅行并希望小霞跟姐姐求情。樱花最后加入了小智的队伍吗？

小智在休息时整理自己的徽章，这时三只黑暗鸦出来似乎在为小智等人表演。突然间，黑暗鸦从放松警惕的小智旁抢走了他的三枚徽章。好不容易得来的徽章被抢走，小智在后面拼命追赶，可是狡猾的黑暗鸦总是能躲过。就在小智的皮卡丘电击命中击落黑暗鸦时，火箭队又出现了。小智能否顺利拿回徽章？

小智一行人在旅行的途中发现天空出现了不可思议的景色，据说这种现象是好几年才会出现一次的。为了解开这个谜，小智一行人和旅行家芦谷先生决定前往那片天空下的铁炮池调查。在这片天空下的荒地里，住着一群没有水也能生存的铁炮鱼。跟随而至的火箭队又出现了，并且想把铁炮鱼一次抓走。小智他们能保护铁炮鱼群的栖息地不被火箭队破坏吗？

小智一行人在一片森林中前进，他们听说了森林中存在特别凶恶的宝可梦。夜晚，小智一行人在一间无人小屋睡觉，他们听到屋外的声响而出门查看，回来后小霞发现床上有一只熊宝宝。被熊宝宝可爱的外表迷惑，小霞留下了它。跟随小智一行人的熊宝宝，不停地偷吃他们的食物，还栽赃给小智的宝可梦们。因为熊宝宝有着可爱的外表，小霞深信不是它干的。最终，小智一行人发现了熊宝宝的作案现场……

在前往浅葱市的路上，小智一行人和他们的老朋友，摄影师阿彻相遇了。阿彻告诉小智他想抓拍一只传说的宝可梦，急冻鸟。这时，从天空突然落下来一大块冰块，冰块里面是一只冻僵的向日种子。为了救向日种子，小智将其带到了附近的一家旅馆。这家店的老板和老板娘每年的结婚纪念日都会和一大群向日花怪拍纪念照，而这一天正好是他们的金婚纪念日，但是因为气候，向日花怪已经找不到了。小智和阿彻决定找回向日花怪，并帮夫妇俩拍金婚纪念照。

随同阿彻寻找急冻鸟的小智一行人在吃午餐时，三只小山猪突然出现并吃了小霞的食物。这三只小山猪是温泉专家树男用来寻找温泉的，不知怎么的小山猪最近一直无法准确定位温泉的方向。想要泡温泉的武藏抢走了小山猪并也想用它们找到温泉，她会得逞吗？小智和树男能救出小山猪吗？

小智一行人追寻急冻鸟来到白雪山，他们发现了被冻成冰块的胖丁。把胖丁救出来后，小智一行人带着胖丁一起寻找急冻鸟，他们先来到了当地的宝可梦中心。另一边，想要在山上设陷阱的火箭队被暴风雪困在山上，之后被急冻鸟送至宝可梦中心……

智一行人在山间行走时突然遇到岩石崩塌。千钧一发之际，三只风速狗和它们的主人救了小智一行人。风速狗的主人小遥和小裕正要前往前方的城镇，递送作为第二天举行的火属性宝可梦锦标赛优胜者奖品的火之石，得知小智与他们顺路，还好心地提出载小智一程。就在他们途中休息时，火箭队偷走了火之石……

小智一行人在草丛中遇见了一位正在寻找土龙弟弟的少年小翼，听说在其居住的城镇曾碰上土龙弟弟的大量出现，但他恰好在外探亲，所以现在镇上的孩子就只有他没有土龙弟弟。小智一行人决定帮助小翼找到一只土龙弟弟。正在他们刚刚找到之际，火箭队出现了……

去浅葱市途中的小智一行人再次遭遇火箭队的埋伏，皮卡丘被装进了一个只有用钥匙才能打开的坚固橡胶盒子里。小智虽然抢到了装皮卡丘的盒子，打开盒子的钥匙却在不小心落水而不知去何处的果然翁身上。两边都开始寻找果然翁……

小刚突然生病病倒了。小智和小霞为了慎重起见，决定停下来扎营来照顾小刚。但是煮饭、洗衣、照顾宝可梦这些平时小刚做的工作对小智和小霞来说既多又麻烦。正当小智手忙脚乱时，火箭队又跑来偷袭小智他们。小智和小霞能够度过难关撑到小刚痊愈吗？

小智一行人来到了力士镇，从当地的训练家口中得知这里第二天要举办一个“宝可梦相扑大赛”。听到有大赛举办的小智立刻决定要参赛。为了满足大赛的要求：参赛宝可梦体重必须超过80kg，小智从大木博士那里传送来了卡比兽。首次参赛的小智会获得怎样的成绩呢？

向浅葱市前进的小智一行人经过一座山岭时，皮卡丘突然变得无精打采。这时，一位自称能和宝可梦交流老先生，蓝贾先生告诉小智皮卡丘的电力被山体吸取了。蓝贾带小智来到他的小店并提供给他自行车式发电机给皮卡丘充电，并答应不收小智的费用。之后君莎赶来准备以欺诈罪逮捕了蓝贾……

小智一行人在休息时，小刚的大嘴蝠不知为何飞走了。追着大嘴蝠，小智一行人发现了一位考古学家小夏正在调整一台仪器。得知小夏在寻找一座地下神殿中的黄金面具和锡杖，小刚帮忙修好了仪器，还派出大嘴蝠定位了地下神殿的位置。偷听到此事的火箭队抢先一步挖进神殿……

小智一行人来到了一座建筑物全是用白色石灰石建成的小镇，这里有三只图图犬正在到处涂鸦。正在居民误以为小智一行人是图图犬的主人而要求小智赔偿时，图图犬的训练家，一位老人出现并答应了赔偿。前来的记者认出了这位老人就是艺术家卡斯巴斯奇亚先生……

小智一行人来到了某个没有宝可梦中心的城镇，他们准备在当地的公园里面露营。就在小刚在公园取水时，一只尼多娜过来饮水，随后追来的女训练家被石头绊倒。就在她摔倒之际，小刚救了她。令小智和小霞意外的是，这个女孩姬香对小刚一见钟情，还邀请大伙儿来她家用晚餐并住宿。头一次被女生追求的小刚能够把握机会吗？

小智一行人在一片山坡上休息，并且放出了他们的宝可梦。小智带着菊草叶出去散步，他们来到一间门开着的小屋。好奇的小智刚带着菊草叶进去，门就关上而且再也打不开了。皮卡丘闻声而来，跟随而至的小霞和小刚帮忙去找管理员。同时小智准备和菊草叶一起前往地下室三层寻找控制室。他们能够顺利逃出这间无人密室吗？

小智一行人在小溪旁的平地上休息并准备午餐，小智放出了所有宝可梦。由于看到小智过于激动，月桂叶几次不小心地使用了撞击将小智撞倒。吃饭前，小智怕被月桂叶撞翻了饭菜而叫月桂叶离开。可是吃完饭后，小智怎么也找不到月桂叶了。另一边，春奶奶救下了因为伤心而落水的月桂叶并将它留在自己的草药园。小智能否找回月桂叶？他会怎样来取得月桂叶的喜爱？

小智一行人遇到了叫伊莎米的少年，他想以宝可梦杂耍等其他方面为目标而不断努力。但是他的个性很内向，因为自己的天然雀训练不出预知未来的能力而对于公开表演更加没有信心。这时火箭队又出现了，并且把伊莎米的天然雀抢走了。小智到底能否帮伊莎米把天然雀抢回来呢？伊莎米又能否大胆的在观众面前表演呢？

小智一行人在旅途中遇见了正在做热气球练习的小飞，并随小飞来到家中，还见到了他的父亲天马。得知第二天有一个热气球大赛，小智急着要参加，天马借给小智一个皮卡丘样式的热气球。另外，火箭队的喵喵得知消息后，向武藏和小次郎提出了要堂堂正正地用热气球决胜的要求，武藏、小次郎嘴上答应了，却仍然背着喵喵下手了。这场比赛会因火箭队和小智一行人的加入发生什么事件？

小智一行人来到某座城市，他们看见有一群女孩在追人，这时，一名穿着神秘的男子跑过来让小智替他暂时保管一个包裹，然后就被女孩们追着逃走了。包裹自己打开了，里面竟是一只宝可梦迷唇娃。小智要帮迷唇娃找到那位训练家，布莱得比德。他们来到一座剧场，那里即将进行布莱得比德的见面会。可是就当他们要把迷唇娃还给比德时，却遭到了经纪人的阻挠。这是怎么回事呢？

小智一行人在湖边露营，小智醒来时看见一只钻角犀兽在水中游泳，当小智叫大伙来看时，钻角犀兽已经消失。接着，他们来到一座岩山附近并遇见一位女孩。她要在岩山中开穴道。可是在穴道最里面会有渗水使得普通的地面属性宝可梦无法工作。她拼命地追逐那只不怕水的钻角犀兽，小智他们也帮忙捕捉，没想到火箭队又出现了，还把钻角犀兽给抢走了。到底小智他们能成功捕捉钻角犀兽吗？

小智一行人来到一座飞行船总站，一艘巨大的豪华飞行船曼德布鲁号刚刚在这里降落。船上有人寻找宝可梦的医生，身为饲育家的小刚自愿前往。找医生的是两位年轻富有的小姐，她们的变隐龙在小刚的照顾下很快康复了。这时，跟随而来的火箭队盯上了船上的财物。小智一行人能否阻止火箭队的恶行？

小智一行人来到了以治疗水属性宝可梦闻名的新玉池，小霞对这里宝可梦中心的乔伊小姐十分崇敬。和乔伊进一步交流后，小智一行人惊讶地发现这里的乔伊竟然十分讨厌水属性宝可梦，这令小霞大失所望。这其中有什么原因？不敢触碰水属性宝可梦的乔伊如何治疗它们？

在前往浅葱市的路上，小智一行人再次遭遇了火箭队的袭击，皮卡丘被抓住，小次郎放出双弹瓦斯使用烟幕逃走。小智派出火球鼠并点燃了烟幕，皮卡丘被救回但火球鼠和火箭队都被炸飞。小智赶到宝可梦中心，当地的乔伊告诉他传说沙漠中有块可以治疗宝可梦的绿洲，受伤的宝可梦会自己回到训练家身边。不放心的小智还是跑去寻找那片传说中的绿洲。在沙漠的深处，受伤的火球鼠和喵喵被三地鼠带走了，它们来到的是一片到处是宝可梦的绿洲……

终于来到了浅葱市，小智立刻奔向道馆。来到道馆的他遇到了一位自称道馆馆主阿蜜的女生，于是道馆挑战立刻开始。对方的大岩蛇似乎不怕水枪，小智的小锯鳄很快败下来。就在小智派皮卡丘上场时，真正的道馆馆主阿蜜来了。她告诉小智暂时不能进行道馆战。这是怎么回事呢？

来到湛蓝市后，小智一行人先帮可夏取得了电龙的药品，接着小智要去挑战湛蓝道馆了。在海岸边，他们看见了一位和豪力对打的中年男子，听说小智要去湛蓝道馆挑战，就跑着步带小智一行人去。原来这位大叔就是湛蓝道馆的道馆馆主阿四。面对格斗属性的道馆，小智会如何应战？

小智一行人在船上和火箭队开始了战斗，双方都被炸飞。落入海中的小智一行人虽然放出了水属性宝可梦，但是强大的漩涡还是让他们无法前进。这时，他们被太阳珊瑚和毒刺水母救上了一艘船。在船上，小智一行人遇见了路过的空木博士。乘船来到青岩岛的库加市，他们从空木博士那里了解到了漩涡岛杯的水属性宝可梦比赛，小智和小霞都决定参赛。

以漩涡岛大赛为目标，展开漩涡岛之旅的小智一行人途中遇到叫做飞太的青年，并得知了大波波岛的事情。这个岛上生活着体型是普通的三倍以上的巨大波波，因为体型过大它们已经失去了飞行能力。在这不可思议的岛上，到底发生什么事了呢？这些波波中有一只正常的波波，它似乎并不甘愿失去飞行能力，它要朝着太阳，飞向从未有宝可梦到达的高空。

前往芝拿镇的小智一行人乘缆车到达青湖。幸运的他们赶上了岛上一年一度的灯笼鱼的迁徙活动，灯笼鱼要从大海中回到山中的出生地产卵。小智一行人和阿义及他的父亲一起护送灯笼鱼前进，结果还是遇见了火箭队。在一阵骚动后，火箭队被赶跑，但是小智与阿义和其他人在混乱中分开了。他们能否将灯笼鱼送抵目的地？

来到黄岩岛的美奇市的小智一行人在海边看见了一栋被海浪冲走的屋子，上面困住了一位小女孩。小智一行人奋力救下了小女孩，之后她的家人赶到。原来这是一个建在太阳珊瑚巢穴上的屋子，最近因为有一只新的太阳珊瑚出现，把其他的太阳珊瑚全吓跑了，房屋才滑入海中。于是，小智一行人开始帮忙寻找失踪的太阳珊瑚们。他们把所有太阳珊瑚找回吗？

小智一行人错过了开往赤岩岛的通讯船。就在他们准备去宝可梦中心时，他们遇见了一位叫露佳的女子。露佳答应开船送小智前往赤岩岛。在船上，小智注意到了露佳船上的寻宝图，原来这是银色之羽的所在地。得知寻宝地点的小智急不可耐地要前往寻宝。而偷听到他们对话的火箭队也准备跟随小智以抢夺他们找到的宝藏。小智能顺利找出并拿走宝藏吗？

小智一行人终于来到漩涡岛大赛的举办地——赤岩岛。这地方爆满了像小智等人一样过来挑战的宝可梦训练家。第二天大赛的预赛就要开始了，斗志高昂的小智等人不知背后有可疑的黑影在追踪他们。后来才晓得，这出现在小智等人面前的可疑人物，原来是宝可梦训练家八郎，他却提出拜托小智等人陪他打一场的要求。比赛结束后，他的铁炮鱼如愿以偿地进化成了章鱼桶。

漩涡岛杯比赛的决赛终于拉开了序幕，小霞和小智分别要面对强大的对手。为了凑够两只水属性宝可梦，小智从大木博士那里传来了巨钳蟹。小智第一场比赛的对手派出了刺龙王，面对强大的龙属性，小智的小锯鳄该如何应战？小霞第一场则是对战经验丰富的训练家张造，她能否赢得比赛？

赢得漩涡岛杯比赛的决赛第一场比赛的小智和小霞竟然在第二场比赛中相遇了，同样直指冠军的两位好友在比赛场上也当仁不让。在小智的第一只宝可梦小锯鳄输给了小霞的蚊香君后，小智只剩下巨钳蟹，他会如何应对这位最熟悉的对手？另外，火箭队看上了麻亚手中的“大海之魂”的宝珠，还发犯罪预报给主办方，他们能否偷走“大海之魂”？

结束了漩涡岛杯比赛的小智一行人要前往鲳鱼镇以返回浅葱市，走在路上的他们落入了陷阱之中。就在一旁的火箭队得意地前去查看时，却也掉进了陷阱中。这时一位女生出现救起了大家，并向小智一行人道歉，她希望小智一行人和火箭队能帮她一个忙。因为有大餐作为奖励，所有人都答应了。来到地鼠之村，小智和火箭队得知原来这个村子用来耕作的地鼠被小偷盯上了，村中只有老年人，所以才请训练家们来帮忙赶走小偷。火箭队这次也决心要认真帮助村子，他们和小智一行人的合作会怎样呢？

小智等人之前在海底的沉船中发现了银色之羽，后来到了银岩岛的卡沙多市后，看见林立街头的土产店都在贩卖小岛的特产，银色之羽商品。途中，小智等人遇到了饰品店老板百合子，而到她的店里参观。店中排列的许多美丽装饰品都是用只有银岩岛才能采集得到的银岩石做的。据说用这种石头做出的装饰品有护身符的作用。岛民们深信的银色之羽，到底隐藏着什么样的力量？

小智一行人追踪传说的宝可梦而来到冲岛，他们遇见了小智的劲敌——同样来冲岛的阿弘，并和他一起搜寻那只宝可梦。他们见到了一位海边的少年修一，他表示不知道传说的宝可梦，可阿弘觉得修一在遮掩什么。另一方面，火箭队的南波博士也在策划一个针对传说的宝可梦的阴谋。这只神秘的宝可梦到底是什么？

火箭队的亚马多和小三郎抓走了小银。因为找不到自己的孩子，大的洛奇亚开始暴走并威胁到了漩涡岛的城镇。为了拯救城镇，小智尽全力说服了洛奇亚并和它定下约定，一定把小银救出来。少年们开始搜索火箭队的藏身处。武藏和小次郎想和亚马多等抢功劳，也打算潜入基地破坏。小银能否获救？

小智一行人和阿弘决定尽他们最大的能力从火箭队手中救回小银，但是被火箭队打败而关进了秘密基地中。没有被抓的修一决定独自前往救援大伙儿，他刚从秘密基地的通风管道潜入基地内部时，就被火箭队的队员发现并抓住了。就在危险关头，武藏和小次郎出现并带走了修一。在小智这边，南波博士骄傲地将计划告诉给了小智一行人，并要向他们展示打败他们的装置，他要用小智的皮卡丘做实验。小智一行人的命运究竟如何？和洛奇亚的约定还能否实现？

为了返回浅葱市，小智一行人来到赤岩岛的鲳鱼镇。在这里，小智和浅葱道馆的阿蜜约好第二天战斗。可是小智却错过了当天的最后一趟定期船。在一位老人口中，他们得知有一家叫做咕咕航空的航空公司可以帮他们前往浅葱市。 他们到那时，才发现刚才告诉他们消息的老人竟然就是航空公司的飞行员，飞鹰。在小智一行人的帮助下，飞机勉强起飞。他们刚起飞不久，才发现已经进入了一片暴风雨区域……

小智正准备前往浅葱道馆挑战时，途中遭遇了火箭队的巨大果然翁机器人的袭击。在危难关头，阿蜜的大钢蛇出现并救下了被抓住的皮卡丘，摧毁机器人并赶走了火箭队后，小智随即和阿蜜前往道馆进行道馆战。小智要如何打破对手的战术，赢得这枚徽章呢？

小智得到了大木博士一个奇怪的请求：大木博士实验室的部分宝可梦似乎在互相争斗，而大木博士无法平息它们的纷争。在知道小智的妙蛙种子有丰富的调解宝可梦的经验后，大木博士请求小智传送妙蛙种子。虽然妙蛙种子到后很快就平息了纷争，但只要它离开，争斗又立刻开始。小智是否舍得与陪伴他时间最久的一个伙伴分开呢？

以卡吉镇为目标的小智一行人再次来到了缘朱市。小霞和樱花约好了再次见面。樱花的伊布已经进化为太阳伊布了。因为樱花的姐姐们要去一位来缘朱市的舞蹈家那里上课，只好由樱花招待大家。樱花提出了要和小霞战斗的请求，小霞接受了挑战。樱花的四位姐姐在舞蹈家处学习，但这两位舞蹈家竟然是火箭队的武藏和小次郎。他们的目标是抓住所有的伊布进化形还有皮卡丘，他们会得逞吗？

小智一行人听到了铃铛塔上传出铃铛的声音而前去调查，他们巧遇了缘朱道馆的道馆馆主松叶和他的好友水京。松叶和水京发现铃铛塔顶层的透明铃铛被盗了，这些铃铛只会在凤王来到时响起。盗走铃铛的原来又是火箭队三人组，他们想利用透明铃铛召来凤王。因为一直无法使铃铛发出声音，武藏失手打碎了一只铃铛。这时，森林里的所有宝可梦开始躁动，它们开始大举向缘朱市进攻，并用吐丝将所有建筑包裹起来。小智和松叶要如何化解这场灾难呢？

小智一行人在前往卡吉镇的途中再次遇见了小茂，他正在和他的风速狗为一个比赛而练习。小智决定他也要参赛并赢过小茂。他从当地的宝可梦培育屋主人那里得到了比赛用的缰绳，并开始和月桂叶一起进行训练。这时，火箭队来到培育屋企图抢走培育屋的蛋。小智和月桂叶配合将蛋夺回，并且找到了比赛的感觉。第二天，宝可梦竞速赛开始，宿敌之间再次针锋相对，到底谁能获得胜利？

小智一行人在一家宝可梦中心休息，当他们醒来时，小智注意到他之前在培育屋得到的宝可梦的蛋不见了。正在小智等人为寻找蛋焦急万分时，乔伊请来了自称名侦探的君莎帮忙。但是君莎看似自信十足的推理却根本没有任何帮助，不过误打误撞地撞见了来宝可梦中心偷食物的火箭队三人组。蛋是被火箭队偷了吗？

经过漫长的孵化过程，小智的宝可梦的蛋终于孵出了宝可梦——小小象。就在这时，火箭队出现想要抢夺了小小象。就在小智救小小象的过程中，小小象被皮卡丘误伤而逃走。小智一行人开始寻找小小象。

正前往卡吉镇的小智一行人再次路遇火箭队三人组的袭击，但火箭队三人组按照惯例被打飞。由于多次失败，火箭队三人组开始反思失败的原因，最终还是得出是实力的原因，他们打算抓大量的宝可梦来扩充实力。这时，他们遇见了火箭队的挖角人员并被劝说加入火箭队，感到莫名其妙的武藏和小次郎发现他们竟然已经被火箭队的名册中开除了。于是，他们决定为了再次加入火箭队，再次向小智一行人下手。

小智一行人在经过一个山谷时，遇到了浓雾而一时迷路了。就在他们不知去向何处时，一位带着九尾的少女来到并邀请众人前往她的家宅。少女热情的招待他们并邀请小刚留下来照顾这份家业。可是小智和小霞通过种种迹象觉得这位叫洛珂的少女十分蹊跷，但被其深深吸引的小刚丝毫没有怀疑。浓雾中的豪宅究竟有什么问题？

刚刚从洞窟穿越擂钵山的小智一行人刚出洞口就遇见了一只无畏小子。无畏小子通过恶作剧抢走了小刚的宝可梦食物。就在小智试图抢回食物时，空手道王信彦出现了。信彦是湛蓝道馆道馆馆主阿四的弟子，现在在外修行。他向小智一行人介绍了无畏小子恶作剧的情况，并想要得到这只实力强劲的无畏小子。这时，无畏小子再次在附近的农场恶作剧。周围的居民已经无法忍耐。小智一行人和信彦要如何解决这个问题？

小智一行人在路上误和火箭队一起落入了火箭队挖的陷阱中，从而意外地来到了地下的一处隧道。他们遇见了一位天然鸟的占卜师问天，并观看了天然鸟占卜的过程。但是天然鸟的对于天气的占卜能力似乎并不好。虽然如此，天然鸟关于第二天会有特大洪水袭来的预言仍令问天担忧。面对发生洪水极低的可能性，问天、小智一行人和火箭队会如何行动？

在前往卡吉镇的途中，皮卡丘和波克比突然变得十分虚弱。正在疑惑的小智一行人突然发现了不远处的愤怒之湖中有一只红色暴鲤龙也显得不对劲。之后，一群火箭队的队员赶到，企图捕捉暴鲤龙并抓住发现他们的小智一行人。这时，宝可梦搜查官、关都四天王的冠军阿渡登场并救了小智一行人。阿渡给小智指明去卡吉镇的路，并让他不要再回来，接着他孤身一人潜入了火箭队的内部。对红色暴鲤龙放心不下的小智还是下定决心，要把被火箭队抓走的暴鲤龙救回来。他们能成功吗？

小智一行人救援失败并被火箭队关进基地的牢笼中。正当他们无计可施的时候，负责看管他们的武藏和小次郎想要乘机抢夺皮卡丘，却被小智利用机会逃了出来。阿渡赶到，并让快龙将火箭队的这个基地摧毁。阿渡带着小智一行人去追试图将红色暴鲤龙运回火箭队总部的辰己一干人。在小智和宝可梦的奋战下，终于救下了红色暴鲤龙。但是身心受创的暴鲤龙大发雷霆，开始暴走而大肆破坏。赶走了火箭队的阿渡和小智要在暴鲤龙到达卡吉镇前阻止它。

小智一行人终于来到了卡吉道馆，却发现大门紧锁。门口遇见的大妈西玛告诉他们道馆馆主柳伯在郊外瀑布下修行，并带小智一行人去找柳伯。柳伯见小智把皮卡丘放在外面，斥责他只以情感来培育宝可梦是错误的并拒绝进行正式的道馆对战。小智为了说服柳伯和他战斗而跟随他进了森林，却遇上了火箭队的袭击，两人不慎跌入深谷。在危难关头，小智使用宝可梦救了自己和柳伯，也让柳伯承认了小智对宝可梦的感情。在深谷之中，他们找到了一个柳伯的长毛猪的脚环，这究竟是怎么回事呢？

小智和柳伯约好进行正式的道馆对战。比赛是2v2的单打形式，柳伯派出的第一只宝可梦是白海狮，小智则用对抗冰属性有利的火球鼠。然而，兼具水属性的白海狮通过潜入水中屡次避开了火球鼠的喷射火焰，还使用冰冻光束差点击败火球鼠。火球鼠使用火焰融化冻结自己的冰后，小智竟一反常态命令火球鼠跳入水中，而水中诱敌的战术奏效，火球鼠用高速星星将白海狮打出水面并以喷射火焰将其打败。柳伯的第二只宝可梦是长毛猪，长毛猪使用猛撞就轻松地击败了火球鼠。面对强大的对手，小智会如何迎战？他能否夺得这枚徽章？

赢得了第七枚徽章的小智立刻向着最后一间道馆的所在地烟墨市前进。一行人来到一片开阔的草原，草原中间有一颗巨大的树。这里有大量野生的美丽花和霸王花，同样由臭臭花进化而来的两种宝可梦关系并不好，为了抢夺地盘双方打的不可开交。小智让月桂叶暂时分开了美丽花和霸王花。一位研究员塞加将众人带到他的研究所并向他们陈述了情况。小智和小霞希望结束纷争但又不伤害任何一方，他们要怎么做？

小智一行人来到了一片火山区域，这里是熔岩蜗牛的聚居地，他们的路被一只正在睡觉的巨大的熔岩蜗牛挡住了。为了通过，小霞想用水属性宝可梦将其打跑，可这只熔岩蜗牛十分厉害，打败了小霞的蚊香君。就在这时，一位火属性宝可梦训练家亚克西出现，他嘲笑了身为水属性宝可梦训练家的小霞，并向她发起挑战。挑战还没开始，巨大熔岩蜗牛再次出现，亚克西想要收服它，派出了火伊布。但是熔岩蜗牛轻易地就将火伊布打败，这使亚克西很沮丧。小智一行人想要帮助亚克西收服这只熔岩蜗牛。

小智一行人在森林中遇见了身为宝可梦魔法师的小璃，小璃想要借用皮卡丘的十万伏特实现能了解宝可梦心情的魔法。为了见证这一没有人使用过的魔法，小智一行人决定帮助小璃搜集魔法所需的素材。他们最终能凑齐素材，使魔法成功吗？

小智为了早日到达烟墨市而想走捷径，结果在森林中迷路了。在遭受火箭队的袭击后，皮卡丘因为用电过度似乎很虚弱了。羽莎出现了并带着小智一行人前往一个神秘的湖，因为湖底的水晶的作用，这个湖的水能恢复电属性宝可梦的体力。火箭队再次出现想要抢走水晶，所有的电属性宝可梦的电力都在被火箭队吸走。就在此时，传说的鸟宝可梦，闪电鸟出现并舍身救了其他的宝可梦，打飞了带着水晶的火箭队，自己也因电力耗尽而倒下。小智能否追回水晶并救闪电鸟？

小智一行人来到了一个城镇，他们遇见了绮菲洛和她的两只宝宝丁。绮菲洛在为即将举行的演唱会做着准备。然而火箭队也盯上这一对十分可爱的宝宝丁，并在演唱会上抢走了宝宝丁。为了追回宝宝丁，小智、小霞和绮菲洛一起去追火箭队，留下小刚撑场。他们能及时救回宝宝丁吗？

小智一行人在一个湖泊再次遇见火箭队三人组，就在小智和火箭队的战斗一触即发时，呆呆兽和寺院的修行者雅子的出现使双方停止战斗。雅子向众人介绍了这个呆呆兽湖和呆呆兽寺院，并邀请众人前往寺院做修行。得知小茂完成了艰难的修行，小智斗志昂扬，也要做最难的修行。而火箭队三人组嘴上答应了修行，却心怀鬼胎。呆呆兽寺院里新来的两组人会在寺院闹出什么事来？

小智一行人得知大木博士即将和胡桃小姐去离他们不远的汇比镇进行录音活动，也前往汇比镇。在汇比镇得知此消息的火箭队三人组想到了一个作战计划：由小次郎假扮大木博士，武藏假扮胡桃，喵喵和果然翁假扮制片人来汇比镇蹭吃蹭喝。第二天，真正的大木博士一行人和小智一行人同时到达了。见到真正的大木博士，火箭队依然坚称自己是真的。为了区分出谁才是真正的大木博士，小霞提议进行比赛筛选出真正的大木博士。

旅行中的小智一行人突然注意到夜空中一个不明物体急速坠落在离他们不远的山后，不明物体中有一个东西掉下来砸中了小智的小小象。小智一行人前往调查，发现这是一只皮宝宝。这时，突然出现了两名不明人士，他们要带走皮宝宝。紧接着，火箭队也出现并同样要夺取皮宝宝。察觉危险的小小象带着皮宝宝向不明物体坠落的位置跑去，想把皮宝宝送回它来的地方。小智一行人一边紧跟着小小象，一边阻挡两股势力的追捕。坠落的不明物体是什么？遭遇两拨人的围堵，皮宝宝能脱险吗？

小智一行人来到了一座城镇，他们遇见了一位厉害的宝可梦训练家安治，他已经使用蚊香泳士连胜七场了。遇见这样的对手让小智和身为水属性宝可梦训练家的小霞都想与之一战。小霞派出蚊香君对战，结果不敌对手。小智的月桂叶也仅仅和打了多场的蚊香泳士打成平手。火箭队盯上了这只强大的宝可梦，并用诡计骗走了安治装有蚊香泳士的精灵球，强迫蚊香泳士为他们战斗。小智一行人要帮助安治一起夺回蚊香泳士。

小智在一位训练家的指引下前往对战公园以进行更多的宝可梦对战训练。兴致勃勃的来到公园的小智发现这一天公园里面似乎没什么人，但是由火箭队三人组装扮的工作人员仍然安排了小智的对战。火箭队想要假扮训练家，通过使用对战公园的宝可梦击败小智并抢走皮卡丘。面对即将对阵的未知的强大对手，小智又会有怎样的战术呢？他能赢得比赛吗？

小智一行人和他们的宝可梦吃过饭后在湖边休息。小霞的蚊香蛙皇在附近散步时被一位叫奈美的训练家误当成自己的蚊香蛙皇带走了。小智一行人醒来后发现小霞的蚊香蛙皇不见了，但是他们找到了另外一只蚊香蛙皇。跟随这只蚊香蛙皇，小智一行人找到了奈美，但是奈美请求小霞借给她蚊香蛙皇以帮她赢得啦啦队比赛，因为她自己的蚊香蛙皇似乎并不想当啦啦队的指挥。这到底是怎么回事呢？

小智一行人为了抄近路前往烟墨市而进入了冰雪小径。在遇到火箭队的泼水袭击后，小智虽然打飞了火箭队，但是小刚因为冰水而发烧了。将小刚送进冰雪小径内部的一家宝可梦中心进行治疗后，小智、小霞和宝可梦中心的乔伊发现洞穴内的温度开始上升。为了找到温度上升的原因，他们三人离开宝可梦中心前去调查。但这一切都是火箭队的诡计，他们要偷走这里所有的冰属性宝可梦。

前往烟墨市的小智一行人在湖边遇见了一只迷你龙，这是烟墨道馆道馆馆主小椿的宝可梦。道馆的工作人员卡布请求小椿例行去进行三年一度的净化龙之牙的仪式，但是小椿要保护这只即将蜕皮的迷你龙完成蜕皮。而这时，火箭队出现，武藏要抢走迷你龙，迷你龙会顺利地蜕皮吗？

小智按照约定和小椿进行道馆战。小椿派出的第一只宝可梦是刺龙王，小智使用皮卡丘迎战。面对水属性兼具龙属性的刺龙王，皮卡丘的电气系绝招和电光一闪似乎都无法对对手造成伤害。于是小智用猫头夜鹰换下了皮卡丘，想通过超能力属性绝招击败对手。但刺龙王凭借高速移动使得猫头夜鹰的催眠术无法命中。就在猫头夜鹰被对方的水炮命中时，仓库的警报响起。原来是火箭队三人组偷走了道馆祖传的龙之牙。为了躲避小智和小椿的追捕，火箭队逃进了龙之圣域。

小智一行人和小椿、卡布追捕火箭队三人组来到龙之圣域，但是他们发现守护龙之圣域的快龙帮助火箭队逃跑了。就在这时，小智的喷火龙出现了，跟随而来的还有纪珂和丽莎。火箭队被快龙带到龙庙，并得知龙庙中有重要的宝物，于是闯进龙庙而意外地引发了火灾。看见龙之圣域失火的快龙逆鳞立起而暴走，开始攻击火箭队并使火情扩大。强大的快龙已经完全混乱，甚至攻击正在救援的小智一行人。小智和小椿联手要让快龙冷静下来，他们要怎样做呢？

夺回了龙之牙后，小智和小椿再次开始道馆战斗。面对已经对阵过的刺龙王，小智派出了临时更换过来的卡比兽迎战。凭借超强的体力，卡比兽击败了刺龙王。体力消耗过大的卡比兽在小椿的第二只宝可梦——暴鲤龙的攻击下倒下。考虑到属性上的优势，小智派上了皮卡丘。皮卡丘虽然有速度和属性的优势，但在暴鲤龙的强大攻势下也只是艰难取胜。小椿最后的宝可梦是哈克龙，并且一上场就轻松地击败皮卡丘。同样剩最后一只宝可梦的小智派出了刚刚重逢的喷火龙。两强相争，谁会是最终赢家？

得到城都地区全部的八枚徽章后，小智正准备向白银大会进发。这时，火箭队登场并偷走了小智的所有徽章。为了夺回徽章，小智一行人和小椿、卡布在森林中搜捕火箭队。武藏将徽章交给了果然翁，自己和小次郎去引开小智等人。可是果然翁却意外地弄丢了装着徽章的盒子。小智和火箭队都在寻找这些徽章，谁能先找到？这些徽章去哪了？

在返回若叶镇的途中，小智一行人看见海边有举办水中芭蕾表演，于是前往观看。原来这是一座私设道馆，龙宫道馆。擅长水属性宝可梦的道馆馆主龙司十分敬仰华蓝道馆的华蓝三姐妹，这让小霞很不服气，提出要和龙司战斗。小智也不会错过这个机会，用小锯鳄向龙司挑战，结果被对方轻易的打败了。小霞和龙司的战斗又会有什么结果呢？

正在返回若叶镇的小智一行人接到空木博士的联络，请小智前去宝可梦海洋研究所去取一枚宝可梦的蛋。来到海洋研究所的小智一行人发现研究所的所长成美小姐正在观测研究拉普拉斯。而出现在小智一行人眼前的拉普拉斯群正是在橘子群岛与小智分别的拉普拉斯的族群。正当小智和拉普拉斯为他们的重逢而玩耍时，火箭队抓住了其他的所有拉普拉斯并用潜艇把拉普拉斯们带走了。这些被带走的拉普拉斯命运会如何？

小智得到的宝可梦的蛋孵化出了一只幼基拉斯，但是这只幼基拉斯的状态很不对劲，体温低得异常。他们将幼基拉斯送到了附近的宝可梦中心，乔伊小姐也对幼基拉斯的情况束手无策，只能通过加热器维持幼基拉斯的体温。在小智向空木博士留言后的第二天早上，空木博士、大木博士和小智的妈妈一起来到宝可梦中心，两位博士很快将幼基拉斯治好，但是幼基拉斯仍然不愿与这个世界互动。小智要如何打开这只幼基拉斯的心扉呢？

小智一行人来到了森林中的一片温泉区。他们见到了一位在等待捕捉炎帝的训练家——尚也，并被告知炎帝即将会来到这里。就在小智一行人和他们的宝可梦们在温泉玩耍时，火箭队出现并将小智和他的宝可梦骗上了卡车，但是小智借助宝可梦的帮忙很快逃出了车子。在小智和尚也进行完宝可梦对战后，火箭队再度出现，并企图夺走温泉中的所有宝可梦。火箭队的机器因为操作不当失灵，火箭队被击飞但留下了一个大龙卷风。突然，炎帝现身并止住了龙卷风。想要捕捉炎帝的尚也立刻与炎帝开始战斗，结果会是如何？

小智一行人按照导游书的引导前往一片美丽的湖边用午餐，但是当他们到那时，发现这并不像他们想象的那么美。这个“湖”几乎已经干涸，大量的呆呆兽都无精打采地趴在附近。小智一行人接着遇见了爱丽丝和提雷斯，他们是来研究湖中的呆呆王传说的。他们告诉小智等人呆呆兽戴上了王者的信物就可以进化成呆呆王，并带领其他的呆呆兽和呆壳兽前往“呆呆兽乐园”，但是呆呆兽的速度太慢，在没有拿到王者的信物前就会被大舌贝咬至进化成呆壳兽。不过就在这时，爱丽丝的呆呆兽想要过去尝试戴上王者的信物，它会成功吗？

小智一行人在森林中发现了一只电击怪。火箭队三人组突袭小智将幼基拉斯和电击怪抓走。正当小智一行人追逐火箭队时，他们遇见了小智的一位劲敌奈奈，她在丛林里寻找那只电击怪。得知电击怪被火箭队抓走后，奈奈也跟随小智追寻火箭队。另一边，电击怪带着幼基拉斯从火箭队的气球上逃了下来，火箭队在寻找两只宝可梦的时候遇见了鲤鱼王大叔，小次郎被迫拿出大食花去跟鲤鱼王大叔交换会使用甜甜香气的口呆花以引诱宝可梦。口呆花将电击怪、幼基拉斯及小智一行人吸引过来，对战中小次郎被迫放弃了他第二只进化来的大食花，随后火箭队三人组也被打飞。

小智一行人抵达了一所位于白银山山麓的宝可梦中心并和空木博士取得了联系。接着，他们在上山的途中，小智和一名使用鸭嘴宝宝的训练家千一进行对战。暗中观察的火箭队发现这里的训练家有许多强大的宝可梦，于是他们抢走了所有的宝可梦，小智为了保护幼基拉斯也被带走，但是幼基拉斯却没有被捉住。火箭队准备用卡车运走得到的宝可梦，并把小智绑住扔在一座屋子内。现在能救大家的只有还可以自由活动的幼基拉斯，这只十分消极的幼基拉斯能否成功救出其他的宝可梦和小智？

正前往白银山顶的小智一行人看见天空突然出现奇怪的波动，一个未知图腾掉下来砸中了小霞。这个未知图腾似乎很虚弱。小霞表示刚才的碰撞使她看见了未知图腾的心情，她看到了一个不可思议的地方。经过小智的幼基拉斯的一个晚上的照顾，第二天一早，未知图腾似乎已经恢复了。火箭队突然袭击，在混战中火箭队三人组被击飞，但是小智一行人也被传送到了一个奇怪的世界……

在得到了幼基拉斯的信任后，小智一行人来到了白银山上的宝可梦保护区，这里是幼基拉斯的故乡。他们并不知道他们已经被宝可梦猎人兄弟跟踪了。随后，幼基拉斯的母亲，班基拉斯出现，但将小智一行人误当成偷猎者而疯狂地攻击他们。幼基拉斯使用刺耳声使班基拉斯平静下来，可这时，宝可梦猎人兄弟登场并困住了班基拉斯……

终于来到白银大会的举办地，白银镇的小智一行人首先来到了凤王院。这里是白银大会的圣火采集的地方，但不知为什么过了很久都没有火炬跑者出来。由于，波克比跑进了院中，小智一行人也进去了凤王院，但这里却被狃拉给占领了……

小智等人期待的城都联盟白银大会终于开幕了，小智他也在选考会上顺利的进入预赛，而小茂也在参加选手的行列之中，小智和小茂也再度的见面了，到底他们会如何的较量呢？

白银大会小智的第一场预赛，对手是使用火焰神奇宝贝的高手小萌，虽然小智拿出全力来应战，但是小萌的神奇宝贝实在是太厉害了，小小象和小锯鳄都被一一打倒，而小智最后派出了杰尼龟，到底小智是否能打赢第一场预赛呢？

小智在白银大会上的下一个对手是来自若叶镇的纯一，他十分期待这场比赛的到来。小智的妙蛙种子和杰尼龟一起玩时，与纯一的大竺葵和玛力露丽起了矛盾，以至于引来了君莎小姐，不过幸好有叶越和小茂帮助解围。 小智和纯一的比赛开始，小智使用皮卡丘先赢了对手的玛力露丽，却接着被对手的三合一磁怪连续击败了皮卡丘和火球鼠。只剩下妙蛙种子的小智将如何应付三合一磁怪和纯一最强的宝可梦大竺葵呢？

进入白银大会决赛圈的小智终于要遭遇他从小到大的劲敌小茂了。为了战胜小茂，小智整夜未眠，一直在思考对战的策略。小茂的宝可梦几乎什么类型的都有，而且都培育的十分强大。决赛圈的比赛是双方都用六只宝可梦的比赛，新的规则，老的对手，这场比赛会如何发展？

在决赛圈首战遭遇小茂的小智派出了他最强的队伍迎战小茂。在损失一只宝可梦后，小茂派出了他最强的宝可梦水箭龟，并且打败了小智的赫拉克罗斯和月桂叶使比赛进入半场休息，小茂也收回了水箭龟。下半场依旧是激烈的攻防战，很快双方都剩下了最后一只宝可梦：小智的喷火龙和小茂的水箭龟。属性上不占优势的喷火龙要如何对阵强大的水箭龟？

小智决赛圈的第二场比赛是对阵来自丰缘地区的叶越。面对强敌，小智第一只宝可梦就派上了皮卡丘。皮卡丘与叶越的第一只宝可梦变隐龙陷入了苦战，虽然最后抓住机会勉强获胜了，但是被之后上场的狃拉轻松地击败了。接着，小智和叶越开始了你来我往的攻防战，但是小智一直以一只宝可梦的优势将比赛拉进半场休息。下半场开始，叶越开始反击，但是靠着卡比兽和月桂叶的奋战，小智将叶越逼入了剩一只宝可梦的逆境。而叶越最后的宝可梦是小智曾经见过的火焰鸡，并且以强大的能力也使小智剩下一只宝可梦——喷火龙。同样为火焰属性宝可梦的喷火龙，有着不输给对方的力量与意志。以火攻火，究竟谁会获胜？

小智和叶越的比赛进入最后关头，小智的喷火龙和叶越的火焰鸡实力相当，开始了激烈的交锋。双方在交战中都受到了极大的伤害，最后，喷火龙的龙之怒和火焰鸡的喷射火焰在场地中央发生了大爆炸并将双方震倒在地……

城都联盟白银大会闭幕后，小智一行人就向回小智的家乡真新镇为目标。途中，因为小霞的姐姐常常不在道馆里，小霞就应该回到华蓝市来再次当道馆馆主。既然三人共同分享苦乐的长旅快要结束了，小霞就开始觉得很寂寞，小智的话也伤了她的感情……

小智和皮卡丘再次离开真新镇，并踏上了开往丰缘地区的邮轮。火箭队三人组还是紧紧地跟着小智，并趁小智睡觉时偷走了皮卡丘，逃下了邮轮。但是喵喵却意外地带着皮卡丘被卡车带离了武藏和小次郎身边，他们被带到了一处仓库，这里的宝可梦被鬼斯通们威胁从仓库搬走。为了对抗鬼斯通，这里的宝可梦希望皮卡丘当它们的老大保护它们不受鬼斯通的欺负。这时，都在寻找皮卡丘的火箭队和小智发现了皮卡丘和喵喵。没有其它宝可梦的小智能否从火箭队的抓捕下救出皮卡丘？

以宝可梦大师为目标的小智和皮卡丘初抵丰缘地区，因火箭队攻击导致皮卡丘体内电力失控。小田卷博士的治疗装置因负荷过载爆炸，失控的皮卡丘逃入森林。与此同时，前来领取初学者宝可梦的小遥在途中遭遇野生土狼犬袭击，慌乱中选择火稚鸡为伙伴，却因自行车被皮卡丘电击报废而与小智产生矛盾。火箭队趁虚而入启动巨型电力吸收装置，意外吸走皮卡丘多余电能使其恢复正常，装置超载爆炸后三人组被击飞。目睹小智彻夜守护虚弱皮卡丘的小遥深受触动，最终决定放下芥蒂，与小智结伴开启丰缘地区的冒险之旅。

小智与皮卡丘在丰缘地区展开新的冒险之旅。由于诸多原因，为了与新人宝可梦训练家小遥一起登录参加丰缘联盟，正往宝可梦中心所在的古辰镇前进。小遥对宝可梦的了解依然很生疏，一路上可用手忙脚乱来形容。最后勉强来到宝可梦中心的一行人，从在中心研究古辰遗迹的梅兹博士那里听到有关古代宝可梦之谜的故事。据说博士最近已解开该谜题。也就在这个夜里，数个身穿红色制服的人突然出现把梅兹博士掳走。这些神秘人的目的到底是什么？古辰遗迹到底隐藏着什么秘密？

小智等人完成参加登录丰缘联盟的手续，为了挑战在丰缘地区的第一场道馆战，意气风发的向橙华市前进。可是小遥抵达橙华市后，就好像有意避开道馆，在街头跑得不见踪影，留下小智一人前去橙华道馆。应声开门的是一位向往成为宝可梦训练家的小男孩。他一看到小智就滔滔不绝地提起小智在城都联盟中对战的失误。小智听得很不高兴，要与橙华道馆馆主对战，男孩称自己就是道馆馆主，小智并不相信。争吵中，小遥和一男一女突然出现。男孩称呼小遥为姐姐，小智这时才知道，原来小遥是橙华道馆馆主千里的女儿，而那个男孩是她的弟弟小胜。千里和美津子夫妇得知小智是小遥的朋友后很高兴，留小智吃饭，小智问起橙华道馆的比赛规则，被告知是三对三的战斗。但小智此时身上只带着一只皮卡丘，他想再多收服几只宝可梦再来挑战。千里于是提出先进行一场非正式的训练赛，小智使用皮卡丘对战千里的过动猿，虽然落败，但小智的实力得到了千里的赞许。这时火箭队三人组出现，意图把皮卡丘和过动猿一起夺走，结果混乱中误把火稚鸡当作皮卡丘抓走。小智一行人追赶出去，过动猿与皮卡丘合作打败了火箭队。小胜决定与小智和小遥一起旅行，临走前，千里送给小智和小遥每人一个徽章盒，同时交给小胜宝可梦导航器。

小遥的弟弟小胜也一起加入小智的旅行。不管怎样，一行人热热闹闹的向附近最近的宝可梦道馆所在地卡那兹市前进。森林中小智等人遇到燕子宝可梦的傲骨燕，不仅食物全被抢走，还遭到争夺地盘的傲骨燕群的袭击。其中一只不服输的傲骨燕受到皮卡丘的十万伏特攻击，就是不肯服气。小智一行人被傲骨燕军团包围，陷入大危机。此时跳出来搭救一行人的，竟是之前在常磐市分别的小刚！脱离危机后，小智等人都很高兴这次的再会，小遥与小胜也很快的与新同伴打成一片。但是看上傲骨燕的傲气的火箭队，又打算利用傲骨燕来捕捉皮卡丘的作战计划。小智收服了那只不肯认输、死缠烂打的傲骨燕，并且用它与皮卡丘一起打跑了火箭队。告别傲骨燕群后，小智一行人继续前进。

以卡那兹市为目的地而持续旅行的小智等人在森林遇到体形大得离谱的豆狸宝可梦蛇纹熊。结果发现其实那是穿着短裤、想接触大自然、套着宝可梦布偶想了解宝可梦的心情的古怪少年--阿奇变装的姿态。虽然阿奇由于小智等人的关系没有抓到蛇纹熊，不过正打算到橙华道馆挑战的他，得知小遥是道馆馆主的女儿，便趁此机会向小遥提出对战的要求。小遥接受了挑战，然而还是初学者的她毫无战斗经验，自然很快的输掉这场比赛。阿奇颇为得意，一时失言橙华道馆太容易打赢了，而后得意洋洋的跑去继续抓蛇纹熊。小遥心不甘愿，但也只能在心里抱怨。但是弟弟小胜却吞不下这口气，认为对方可以轻视小遥，但不能让他轻视作为道馆馆主的父亲。于是独自一个人采取个别行动想要报复阿奇，结果却陷入蛇纹熊群的包围，危急时刻还是阿奇及时赶到，帮小胜解了围。小胜对自己的行为非常惭愧，向阿奇道了歉，双方冰释前嫌。这时火箭队再度出现，试图捕捉蛇纹熊，众人齐心合力将火箭队打败，而阿奇也终于如愿收复蛇纹熊。

前往卡那兹市的小智一行人来到一座森林，听说最近这一带目无法纪的宝可梦盗猎者很猖狂。由于发现了盗猎者使用的捕获网的一部份，小智一行人遂加入帮忙君莎小姐追捕犯人。火箭队三人组偶然发现宝可梦猎人阿隆抓到的大量有毒宝可梦阿柏蛇与瓦斯弹，原来他是受雇佣来捕捉毒属性宝可梦的。由于长期以来的好搭挡阿柏怪与双弹瓦斯就是由阿柏蛇和瓦斯弹进化而来，对这两种宝可梦有深厚感情的火箭队，下定决心要救出这群宝可梦并把它们收为同伴。但是这个行动被盗猎者阿隆发现，火箭队的阿柏怪与双弹瓦斯也成了他想要捕捉的目标！面对使用实力强大的宝可梦大嘴雀、班基拉斯的阿隆，火箭队完全无反抗能力！但是喵喵顶着强力的高压电击拼命放出了所有的瓦斯弹和阿柏蛇，并且由武藏和小次郎拼死拖住阿隆的行动，让双弹瓦斯和阿柏怪保护大家迅速逃跑。阿隆打倒了火箭队，试图重新捕捉逃走的阿柏蛇和瓦斯弹，但被赶来的小智一行人和君莎小姐截住，君莎小姐命令阿隆立即释放盗猎得来的宝可梦，阿隆恼怒地说那些宝可梦早已被其他人救走了，小智感慨这个世界还是好人更多。告别了阿柏怪和双弹瓦斯的火箭队三人组走在森林中，仍念念不忘它们能否保护好自己的同伴。这时之前在他们被一群大针蜂围攻时伸出援手的那只刺球仙人掌再度出现，手里还拿着小次郎先前送给它那袋食物。小次郎将食物喂给刺球仙人掌吃后，刺球仙人掌非常开心，于是加入了火箭队，成为小次郎的新宝可梦。

旅行途中，小智在森林遇到以前就很中意的森林蜥蜴宝可梦木守宫，他兴奋地想马上收服木守宫，但是却不小心从山坡上滚下去。与小遥等人走散的小智，滚到了一棵枯萎而神秘的巨大树附近，并遭到一只离群独居的木守宫的攻击。小智派皮卡丘应战，但还是被木守宫敏捷的身手给压制住。这时，一只年长的木守宫带着另外几只木守宫突然介入，结束了这场莫名奇妙的战斗。原来那些木守宫的目的是来带走这只独居的木守宫，它们对于这只顽固的木守宫不肯离开巨大树的行为深感头痛。而由于这只木守宫是在这棵树上出生的，因此它坚持要照顾这棵树。木守宫的行为让小智非常感动，于是他用实际行动全力支持这只一心一意要照顾巨大树的木守宫。这时候，火箭队突然出现，企图大量捕捉木守宫，而小智的皮卡丘也被一起捉走。木守宫挺身而出，巧妙地引诱刺球仙人掌用飞弹针刺破了火箭队的气球，从而使大家趁机逃脱。经历此事后，木守宫得到了同伴们的理解，但那棵巨大树终于还是因过度衰老而倒下了。接着，木守宫向小智发出了挑战，小智派出皮卡丘打倒了它并顺利将其收服。最后，木守宫种下了巨大树留下的种子，告别同伴跟随小智一起离开。

小智一行人在森林公园用餐，这是旅行中最快乐的时间之一。但是有个黑影躲在草丛中专门瞄准这快乐的时刻，原来是毒蛇宝可梦饭匙蛇想要偷走食物。小遥的宝可梦火稚鸡不仅被抢走了食物，还被饭匙蛇玩弄于股掌之间。不过小智的木守宫很快的以漂亮的身手救下了火稚鸡！可是，愤怒的饭匙蛇的反击也让木守宫的右手受了重伤。木守宫被小智等人紧急送去宝可梦中心，治疗过后虽然没什么大碍，但是木守宫无法接受自己被饭匙蛇打败，便悄悄离开宝可梦中心，打算独自找饭匙蛇做个了结。与此同时，火箭队也遇到了饭匙蛇，他们的食物也同样被饭匙蛇一抢而空。怒火中烧的武藏对着饭匙蛇一顿拳打脚踢，并最终成功收服了它。而小智他们在瀑布旁边找到了木守宫，原来它正在独自进行着严酷的特训，以求变得更有力量。这时火箭队出现并派出新收服的饭匙蛇攻击众人，木守宫将饭匙蛇打败，成功地赢回了自己的尊严。

前往卡那兹市的旅途，小智一行人穿越广大的森林，终于来到睽违已久的城镇。一行人分成二组行动，享受都市生活的乐趣。小智带着小胜一顿饱餐后，在街头发现一只因害怕躲在巷中发抖的蘑菇宝可梦——蘑蘑菇。蘑蘑菇最初对小智等人深怀戒心，不过很快的就对温柔呵护自己的两人打开心扉，而小胜对本来应该住在森林的野生蘑蘑菇为何会在城市出现，感到很不可思议。两人带着蘑蘑菇行走在街上，但在经过一栋老旧的房子前面时，蘑蘑菇突然跑进大宅子里面！于是小智等人慌张的追了上去。同时，在街上购物的小遥与小刚听到了镇上被诅咒的大宅院的谣言……到底蘑蘑菇是发生什么事了呢？那个大宅子里面到底有什么东西在呢？

旅行途中，小智一行人发现一所号称拥有“世界最强的宝可梦”的民间道馆。虽然“世界最强”一词令人怀疑，但一行人仍兴致勃勃的前往挑战。里面走出来的是少年安东尼与水鸟宝可梦大嘴鸥。小智马上与这个人展开对战，可是作为水属性宝可梦的大嘴鸥竟然接连使出使出草属性招式藤鞭、火属性招式喷射火焰、电属性招式打雷等，这些不合常理的招式变化，将木守宫、傲骨燕纷纷打倒，皮卡丘勉强打成平手，可是也是两败俱伤的局面。小智虽不甘心，但也带三只宝可梦到宝可梦中心治疗。火箭队想要抢来这只世界最强的大嘴鸥，结果偶然发现最强的宝可梦大嘴鸥那变幻自如的招式秘密，原来就是安东尼事先在大嘴鸥的口中藏好了装有鸭嘴宝宝、喇叭芽、小磁怪等宝可梦的精灵球。火箭队于是以将此事告诉别人而威胁安东尼与他们合作，迫于火箭队的压力，安东尼只能屈从。小智一行人在宝可梦中心治疗受伤的宝可梦时，得知有很多训练家的宝可梦被夺走。他们重新赶回安东尼的道馆，却看见火箭队在使用大嘴鸥同大家对战，并且火箭队称挑战者若是战败就要没收挑战者所使用的宝可梦。小智派皮卡丘去迎战，仍然落在下风。小胜觉得情况非常不正常，于是一个人偷偷溜进道馆内部，想要找出世界最强的秘密，结果遇到了被火箭队控制的安东尼。安东尼坦然向大家承认的自己不应该使用不正当的手段，并用大嘴鸥和众人联手击败火箭队。在战斗中，安东尼意识到大嘴鸥确实很强，于是下决心要将它培养成真正意义的世界最强。

小智一行人在旅行途中误入宝可梦保护区，在那里遇到一群大狼犬的攻击，双方僵持时，一位自称可莉的女子出现。原来她是守护这个保护区不被盗猎者侵害的宝可梦保护官和医生，因为误以为小智、小遥他们是非法盗猎者而发起了攻击。但是在大狼犬之中，有一只是没有进化的土狼犬。听说它是与其它大狼犬同时期出生的，可是不知道为什么，只有这只土狼犬的进化很迟缓。从没目睹过宝可梦进化的小胜，闹着要看土狼犬的进化，坚持要留下来。不得已，一行人只好在这里停留一阵子。小胜告诉土狼犬，如果想要进化，就必须多使用“咬住”，并借用小遥的火稚鸡去跟土狼犬对战，但土狼犬在战斗时总是只会使用撞击。小胜很着急，于是独自带着土狼犬离开。此时，火箭队三人组突然出现，向小胜介绍他们发明的所谓“宝可梦进化装置”，称只要把宝可梦放进去就可以迅速实现进化。小胜虽然没有上当受骗，但土狼犬与很多宝可梦还是被火箭队抓走。危急关头，土狼犬终于听从了小胜的指挥使出咬住撕破了网子，成功地救出了大家，并进化成了大狼犬。小胜如愿以偿见到了宝可梦的进化，而大狼犬的同伴也都为它感到高兴。

旅行途中，小智一行人在湖里游泳时遇到了“浮萍宝可梦”莲叶童子。就在他们与莲叶童子玩得正开心时，一个女孩突然出现，她很生气地呵斥他们不应该在莲叶童子生活的湖中游泳，并强行将小智他们带回家受训。原来这个女孩叫奈绪子，她与两个姐姐典子和玲子经营着一家花店。大姐典子对奈绪子的失礼表示歉意，于是她招待大家享用好吃的树果烹饪，带领众人参观了她们的果园，并热烈谈论起对宝可梦有各种效果的树果。二姐玲子告知花园的灌溉系统损坏，这时湖里的莲叶童子们出现，帮助大家浇灌花木，而其中有一只莲叶童子似乎总是不在状态，小刚见状便耐心地引导它。三姐妹中最年幼的奈绪子似乎喜欢上了小刚，并对小刚过于亲近她的两个姐姐非常不满。由于小刚说他很想看看树果中少见的文柚果，奈绪子竟然独自到森林里去寻找！森林天黑后容易迷路。小智、小刚和玲子急忙出发去寻找奈绪子，而先前那只莲叶童子也跟上来了。最后众人终于在森林深处找到了奈绪子，奈绪子交给小刚一颗文柚果，小刚非常感动。回到花店后，众人撞上火箭队正在大量捕捉莲叶童子，皮卡丘和莲叶童子合作，击沉了火箭队三人组的座船，解救了大家。小智一行人告别了花店三姐妹踏上旅途，而之前那只莲叶童子又跟了过来，于是小刚决定带它一起离开。

小智一行人为了挑战在丰缘地区的第一场道馆对战，以卡那兹市为目标前进。在卡那兹市附近一个特殊场所卡那兹中心，那里正在举办宝可梦华丽大赛。这与依靠实力来决胜负的一般对战不同，比的是绝招的华丽度与宝可梦本身的成长情况。一行人很感兴趣的想要参加，可惜大会已经报名截止。但是，在刚认识的参赛者惠美与英二的好意邀请下，一行人得以助手身份出场。不止如此，以前曾参加这个比赛的火箭队的武藏，也会出场?!对这项比赛抱有浓厚兴趣的小遥兴奋不已，别开生面、精彩的宝可梦大赛现在即将开始!!

小智一行人在森林深处悠游自如的前进。越过这座森林，就是第一个目的地卡那兹市了。此时忽然出现一只“竽虫宝可梦”刺尾虫。小遥最初很害怕刺尾虫，但当她得知之前出现在宝可梦华丽大赛上的狩猎凤蝶就是由刺尾虫进化而成之时，立刻对它表示了浓厚兴趣，想要收服。由于太专注于追逐刺尾虫，小遥不知不觉间与小智等人走散，走入了森林的深处。另一方面，在大会上得到惨痛经验的火箭队，也想捕捉可以进化成狩猎凤蝶的刺尾虫。这两组都想得到刺尾虫的人马，在森林中不期而遇。想得到华丽的狩猎凤蝶的小遥，与火箭队展开争夺刺尾虫之战。正在小遥孤立无援时，突然一位带着赫拉克罗斯姓泽间的男孩帮助了她，打飞了火箭队。得知小遥想要一只刺尾虫，泽间自告奋勇带她去森林里寻找。另一方面，小智正在为道馆战做准备，训练皮卡丘练习使用铁尾，但每次都只差一点点。突然出现一位自称姓泽间的男孩邀请小智来一场双打对战，并告知小智，这种类型的对战在丰缘地区很流行。小智于是欣然应战，并派上了皮卡丘和木守宫。激烈的战斗中，皮卡丘施展出了钢铁尾巴，成功击倒泽间的蜻蜻蜓和阿利多斯。双方均对对方的技术表示钦佩，于是小智一行人便邀请泽间共进午餐。而在森林深处，小遥终于发现了一只刺尾虫，在泽间的指导下，小遥使用火稚鸡，终于成功地捕捉到了刺尾虫，却被火箭队三人组抢走，小遥使用火稚鸡和刺尾虫共同上阵，再次将火箭队击飞。小遥带着泽间与小智等人见面，大家见到两个长相一模一样的泽间非常惊讶。原来这两人是双胞胎兄弟，大哥泽间一郎一直在外旅行，而弟弟泽间次郎则住在这里守护着森林。泽间次郎告诉大哥他也想出去进行宝可梦的修行，泽间一郎鼓励他勇敢前往，并表示自己将代他承担守护森林的重任。

以挑战卡那兹道馆为目标的小智一行人，终于来到卡那兹市，并见到了道馆馆主杜娟。不过由于杜娟同时兼任宝可梦训练家学校的老师，要在这里上课到明天，所以小智还需要等待一天。校长带小智一行人参观了整个学校，告诉他们在成为正式的宝可梦训练家之前，必须在这里进修，学习关于宝可梦各种各样的事。从入门班、竞赛班到博士班，对学校的教育内容制定，都是学生高兴决定的。由于校长的好意，小胜得到一天的时间可以在学校旁听，体验这个入门班所有的事。杜娟老师也把小智和小刚介绍给入门班的学生，并诚恳邀请他们向孩子们介绍经验。而小遥则对有关华丽大赛的培训班表现出浓厚兴趣，她也混进了学生中听课，但得知还要考试后就又溜了出来。小胜在入门班结识了因害怕而不愿与宝可梦接触的浩太、对宝可梦训练家并不感兴趣但被家里人强行送来上课的女孩莎美等朋友，而能力很强但性格高傲自负又爱欺负人的小拓则处处想和小胜分个高下，于是两人分别使用鸭嘴宝宝和蚊香蝌蚪进行了一场对战。小胜使用蚊香蝌蚪顶住了鸭嘴宝宝的几轮喷射火焰攻击，正要使出水枪反击时，火箭队三人组出现并抢走了学校的宝可梦。在浩太的指挥下，小胜、小拓和莎美齐心合力打败了火箭队，救回了被抢走的宝可梦。而孩子们也通过这次合作战斗增进了友谊，大家都非常开心。

小智一行人到达卡那兹市，向丰缘地区第一家道馆挑战的日子终于到了。从以前就对比赛招式华丽度的宝可梦华丽大赛有兴趣的小遥，终于下定决心要成为一名宝可梦协调训练家，目标是参加华丽大赛，从而放弃道馆挑战比赛。于是这场和卡那兹道馆馆主杜娟的战斗就成了小智一个人的挑战。为了对抗杜娟的擅长使用高防御力的岩石属性宝可梦，小智与皮卡丘苦练对岩石属性效果优越的招式“铁尾”，并终于取得了一定的成效。比赛开始后，杜娟首先派出了小拳石上阵，小智一方则使用木守宫迎战，虽然木守宫使出了威力很强的拍击，但由于小拳石防御很高，无法造成有效的打击。而木守宫则因为连续被小拳石的百万吨重拳击中而失去战斗能力。小智随即派皮卡丘出场，皮卡丘运用打雷，将整个岩石地面夷为平地，限制住了小拳石的滚动，成功将小拳石打败。但面对之后出现的朝北鼻，无法随心所欲使出铁尾的皮卡丘还是陷入了苦战。在杜娟命令朝北鼻使出最强杀招电磁炮时，皮卡丘迎难而上，强行用身体接住了这记电磁炮，随后带着巨大电量扑到了朝北鼻的身上，造成了朝北鼻的全身麻痹，皮卡丘旋即及时使出新招式“铁尾”，一击制胜。小智如愿收获自己在丰缘地区的第一枚徽章——岩石徽章。

打赢了卡那兹道馆的比赛，小智一行人的心早就飞向下一个目的地武斗道馆。等待驶往武斗岛的船出发的期间，一行人决定在卡那兹市分开来自由行动一阵子。 小胜在街上认识了从衣服到食品、什么都生产的梦幻公司，得文制造股份有限公司的社长，兹伏奇。喜欢小孩的兹伏奇很欣赏小胜，带小胜到总公司参观，让小胜对一个又一个的新发明大开眼界。这时候，两人发现伪装成社员的可疑男子，展开了跟踪。同一时间，研究所内因为遭窃而一阵骚动。东西是这个男人偷走的吗？他的真实身份究竟是什么？

由于小遥的疏失，小智一行人没有赶上驶往武斗岛的班船。小遥为了负起责任，到处寻找开往武斗岛的船只，她认识了退休的老船员哈奇老人。哈奇老人自愿送一行人到武斗岛，但是等小遥带大家过来时，哈奇老人的态度却是180度大转变，冷淡的赶走一行人。百思不解的一行人，从君莎小姐那里听来令人担忧的消息。上次躲在得文制造有限公司的海洋队的人，听说就躲在这附近，打算与同伴会合。企图在海上与同伴会合的海洋队的男子，与拥有私人船只的哈奇老人的变化，二者似乎有某种关联。一行人抱着这样的想法，赶紧回到哈奇老人的地方。到底，哈奇老人与海洋队之间有什么样的关系？小智一行人是否能够抓住海洋队呢？

小智一行人搭上了哈奇老人的船前往武斗岛，途中他们抵达了一座半月形的岛屿。到了晚上，营火的旁边有一群巨牙鲨在围着他们，当他们不知道如何离开时，小刚提出了一个策略驱赶了巨牙鲨群……

为了尽快得到丰缘地区的第二间道馆徽章，小智一行人来到武斗道馆门口。然而，道馆馆主藤树却拒绝小智的挑战，从道馆跑出去冲浪。斗志高昂的小智气不过去，一直纠缠着藤树，最后终于如愿以偿。小智认定藤树是只晓得玩冲浪的不务正业的人物，所以对这场对战充满了自信。可是面对小智来势汹汹的攻击，藤树的宝可梦却运用冲浪中练出来的身手，很轻松的化解了小智的攻击。小智急得失去判断情况的能力，依然采用硬攻的方式，结果……

在武斗道馆的道馆赛中，小智被道馆馆主藤树打败，感受到自己实力的不足，决定在武斗岛暂时修行一段时间。然而此时出现了企图夺走小智一行人宝可梦的火箭队！小智一行人好不容易将火箭队赶跑，但是回过神来却注意到，小遥的刺尾虫与火箭队的刺尾虫在混战中弄混了！刺尾虫是小遥第一次收服并细心照料的宝可梦，想到自己的刺尾虫被迫与卑鄙的火箭队待在一起，小遥感到非常的不安。忍住盈眶的泪水，小遥拼命奔走寻找火箭队……

为了武斗道馆而继续旅行了小智一行人，正在商讨着大吾的事情而来到了“石之洞窟”，却意外掉入了火箭队所设下的陷阱。但是这时周围的地面却陷了下去，一行人和火箭队一起掉进的洞穴的最深处。而在小胜的周围,皮卡丘和喵喵聚在一起。似乎所有人都分散了。小智、小刚和小次郎在一起，而小遥和武藏在一起，寻找出口的活动开始了。“铁铠宝可梦”可可多拉就居住在这危险的洞穴里，争吵不停的三组联合起来，能逃出洞窟吗!?小智能和大吾相遇吗!?

小智一行人在武斗岛边架设帐篷，继续着宝可梦的修行。这个时候沙中突然出现了未知生物，袭击了小智一行人。打算捕获它的小智，却因为它强大的力量失败了。而且那个生物，还把帐篷给弄倒了。被吓到的小智，燃起的捕获未知生物的欲望，他决定在当天晚上揭发未知生物的原形！小智能顺利捕获未知生物吗!?

加入了新的伙伴“无赖宝可梦”龙虾小兵，小智一行人持续着在武斗岛的旅行和训练。在与火箭队的对战中，龙虾小兵却发烧了。龙虾小兵需要回到精灵球里，但精灵球放在露营的帐篷内，于是小智决定到宝可梦中心请求支持。小智背起龙虾小兵奔跑，然而想要到达宝可梦中心就必须经过一条没有桥的河，而且这条河里还居住了很多“野蛮宝可梦”利牙鱼……小智能够打败这些利牙鱼吗!?

为了打败武斗道馆的道馆馆主藤树，持续旅行的小智一行人把锻炼自己和寻找珍奇的宝可梦当为目标，而来到了一座沼泽。一行人和“沼鱼宝可梦”水跃鱼以及沼泽的主人认识，他们得知这里是专门培育水跃鱼蛋的地方，孵化后的小水跃鱼将会被运送到培育的地方专门培育后再送给宝可梦训练家初学者，但这只水跃鱼却是野生的。正当小刚对这些事情倍感兴趣时，打算夺走水跃鱼的火箭队出现了！然后管理水量的控制器出了问题，水跃鱼群们被大量的水冲走了！到底小智一行人得怎样面对这个危机？并且保护水跃鱼群们呢？

在某个洞窟做修行的小智一行人，不小心激怒了在洞窟睡觉的大声宝可梦吼爆弹。在急于逃离吼爆弹追打的情况下，小智一行人居然与皮卡丘他们走失了。而此时，勉强逃到外面的皮卡丘等宝可梦也拼命的想寻找小智。宝可梦们虽然受伤了，还是以出去远足的心情往森林前进。但是，四周突然响起奇特的草笛声。皮卡丘他们像中了催眠术一样，开始在同样的地方打转起来。宝可梦们的身上是出什么事了!?还有，这个草笛声到底来自何方神圣？

以打败武斗道馆的道馆馆主藤树为目标，而持续修行的小智等人，和小田卷博士相遇后，在某个洞窟里面发现了少年和辉的秘密基地。和辉生气想赶跑小智等人。在旁偷窥的火箭队想夺取和辉的秘密基地将其占为己有，却突然出现神秘的一伙人——熔岩队打败了火箭队，占据了这个基地。熔岩队在秘密基地内开始挖洞，挖到很深的地方时，火箭队看熔岩队的情况，认定此地必有宝物，遂在后头紧跟上来。而从和辉口中得知详情的小智等人，为了抢回洞窟，又折返回来，但是另一班人马——海洋队也现身了…

小智一行人今天依然在武斗岛努力修行。企图抢走一伙人的宝可梦的火箭队，又跑来闹事。在格斗中，小遥的“蛹宝可梦”甲壳茧进化成“蝴蝶宝可梦”狩猎凤蝶了！这令小遥高兴极了，然而火箭队的武藏却不高兴了。因为她所疼爱的“蛹宝可梦”盾甲茧一点要进化的迹象也没有。败给小智等人之后，武藏也燃起了竞争意识，对盾甲茧展开特训，偏偏盾甲茧实力太强，火箭队所拥有的宝可梦根本不是它的对手。为了让重要的盾甲茧进化，武藏只好寻找厉害的宝可梦来磨练，因此再度向小智等人挑战……

今天小智一行人依然在武斗岛继续修行。个性火爆的问题专家，龙虾小兵的行为使大家有点头痛。小智想训练龙虾小兵的合作精神，决定到废弃的金矿里去玩试胆游戏。他想吓吓龙虾小兵，使它乖一点。扮演鬼怪的小遥与小胜埋伏在金矿中，龙虾小兵不知情的进去了……另一方面，火箭队三人组为了寻宝来到金矿里面，受到眼光发亮的某个东西的攻击！那是真正的妖怪吗？小遥与龙虾小兵的命运将会如何呢？

为了再次挑战武斗道馆的道馆馆主藤树而持续修行的小智一行人，遇到自称藤树头号弟子的格斗少女小忍的挑战！虽然她自称是头号大弟子，但是如同过去的小智，小忍只是一昧的使出力量来猛攻。相较于小忍，经过修行的小智在化解攻势时就显得很稳重。但是，藤树却突然插进来为决斗喊停。原来他是来提醒一行人，台风已经来到附近了。在天气越来越恶劣的情况下，大伙儿勉强逃避到附近的洞窟。在这时候，藤树的一番告白，“面对强大的力量，不要勉强出头，想法子渡过去也是很重要的”听到藤树这番话，小忍回顾自己的战斗方式，似乎有所领会的样子……

为了再度挑战武斗道馆，而不断修行的小智，终于要向道馆馆主藤树做复仇战了。可是在藤树的秘密练习场的战斗，攻守状况却和上次的对战颠倒过来…面对藤树猛发攻势的宝可梦，小智发挥了修行的成果，在轻松闪躲中慎重地寻找机会。藤树的宝可梦果然因为不断发出攻击，很快就喘不过气来了。任谁来看都会觉得小智占了上风，但是小刚却有不同的看法。小刚在藤树这宛如故意制造机会给小智的战斗中，感到隐隐约约的不安……

小智一行人结束武斗道馆的复仇战，为了小遥即将参加的宝可梦华丽大赛，而搭船前往大会场地的凯那市。由于火箭队设下的圈套，船遇难了。小智等人顺水飘流，最后遇上了气氛阴森的触礁的弃船。在那里，一行人结识了来调查弃船的广海，一同休息了一段时间。这期间，火稚鸡突然不见了！一行人不加思索到处搜索，但没多久小胜与小遥也不见了。小智等人感受到危机提高了警觉，可是……

小遥来到凯那市，马上就以华丽大赛的优胜为目标，和蝴蝶宝可梦狩猎凤蝶展开了特训。特训中，小遥遇到了也想拿到大赛优胜的少年，宝可梦协调家小瞬。小遥与小瞬之间燃起了激烈的竞争意识，又跟小智等人展开更激烈的特训。烟火工匠毕希见到这个情况，告诉小遥，有个果实吃了可以让参赛的宝可梦拥有更有利的条件。为了分得一些果实，小遥等人来到毕希的仓库，可是在那里只见到将果实完全吃光的火稚鸡。小遥等人得知这个果实是毕希今夜放宝可梦烟火的制作材料，深感自责，于是决定到森林去寻找果实来还给毕希先生。

为了得到宝可梦华丽大赛的优胜，小遥将火稚鸡交给小智等人保管，自己与狩猎凤蝶离开去练习。此时小智等人又受乔伊小姐所托，帮忙照顾三只宝可梦做健康检查，因为不久之后，即将成为宝可梦训练家的小孩会过来领取。做完健康检查后，乔伊小姐又托小智等人保管这些宝可梦。可是，其中有只活泼不听话的火稚鸡一直想逃跑。为了抓这只火稚鸡，小智拿出龙虾小兵战斗。没想到战斗中，火稚鸡意外进化成力壮鸡了。小智等人无计可施，偷偷拿小遥的火稚鸡来顶替，但是……

华丽大赛举办的日子，会场人潮汹涌，热闹极了。身处其中的小遥，在休息室内一直紧张得无法冷静。第一次审查的主题是魅力演技。在宝可梦展现的多彩多姿的绝招中，劲敌小瞬的荆棘宝可梦毒蔷薇得到了高分。然后终于轮到小遥跟狩猎凤蝶上场了。狩猎凤蝶拿出为了这一天努力练习已久的绝招，银色旋风，成功进入了第二次审查。接下来的审查是只靠美丽还不够，必须以实力获胜的华丽战斗。小遥的对战对手是小瞬。这场战斗到底会谁胜谁负呢？

宝可梦华丽大赛告一段落，小智等人在凯那市停留了最后一天。小遥与小刚到市区买东西，小智与小胜和皮卡丘决定到海之博物馆参观。很不凑巧，博物馆刚好休馆。小智等人遇到了库斯诺吉馆长，并被带入馆内参观。在那里，小智等人看到了罕见的烧焦的神秘岩石。此时出现了企图夺走博物馆展示品的火箭队，将小智等人关进牢笼内。然而比他们更早一步潜入馆内的熔岩队又跟火箭队发生冲突。两派人马为了宝物，突然展开了战斗……

小智等人向著紫堇市一路旅行，来到山路旁的宝可梦中心。但是里面却一个人也没有。最后面的房间一片凌乱，地板上还有残余的催眠粉。小智等人觉得出事了，赶快查看监视器的录影带。出乎意料的看到邪恶宝可梦，狡猾天狗将乔伊小姐掳走的画面。一行人为了救出乔伊小姐，赶往狡猾天狗居住的大树。可是一路上却遇到草属性宝可梦们的阻挠。这时候，乔伊小姐在大树中醒来，注意到旁边有一只睡著的长鼻叶……

以紫堇市为目的地而前进的小智等人，在浓雾的山路中行走著。听说山中有个村子，在那里，有著被当成路标的灯塔。小智等人遇到了守护灯塔的“光之石”的正电拍拍与负电拍拍，其主人和智见到小智的打扮，认定他就是村子传说中的勇者。和智完全没有战斗经验，他带著加油宝可梦跟随自己崇拜的小智一起练习。谁知火箭队却跑来捣蛋，抢走了光之石与皮卡丘……

前往紫堇市的途中，小智等人来到了某个城镇。一行人在那里认识了带著呢喃宝可梦咕妞妞的明菜，决定一起参加即将举办的“戏法屋大赛”。克服戏法大师设下的机关，获得优胜的人将可以得到一年份的宝可方块！一行人以优胜为目标，努力向终点前进，先是迷宫，后是过独木桥、地洞陷阱等等，后来连拿著麦克风的胖丁也来捣乱。大赛的优胜者到底会是谁呢？

抵达紫堇市的小智等人，为了得到第三个徽章来到紫堇道馆。一入道馆，突然冒出雷公机器人，与皮卡丘发生了战斗。后来，小智与现身的道馆馆主，铁旋做道馆挑战赛。竟然一下子就打赢了。然而过了不久，皮卡丘的情况马上变不对劲。带去宝可梦中心疹疗后，才知道皮卡丘在与雷公机器人战斗的过程中，吸取了过多的电力，所以挑战时出招的威力才会那么大…

小智一行人发现路边的河上漂来了三个西瓜，他们将西瓜捞上来开始一起吃西瓜。吃西瓜吐西瓜子的习惯让小智想到了可以让木守宫练习种子机关枪绝招。就在他们边吃边练的时候，一位少女带着她的宝可梦们怒气冲冲的前来，说小智一行人是偷瓜贼。在被证实是冤枉的之后，这名少女感到十分惭愧，决定带着小智一行人前往自己的瓜园参观以赔罪……

小智一行人在远遥湖边看见湖中心的平台上，有一对年轻人和他们的电萤虫与甜甜萤在做着某种表演。原来这里在进行远遥祭排练，可是电萤虫的训练家罗密欧似乎太过紧张，以至于把排练搞得一团糟。但罗密欧一个人表演的时候却可以十分完美的完成，只要和甜甜萤的训练家茱丽叶一起就会十分慌乱。小遥一针见血地说出了其中的原因：罗密欧爱上了朱丽叶……

小智一行人在山区行走，突然一只宝贝龙从山崖上冲出，然后用坚硬的脑袋撞碎了小智面前的大岩石。小智以为这只宝贝龙是野生的宝可梦，于是派出傲骨燕和它战斗。这时，宝贝龙的主人米雪儿出现并阻止了战斗。原来这只宝贝龙梦想着早日能在天空中翱翔，所以经常从悬崖跳下想要飞行。为了让宝贝龙早日进化成能够飞行的暴飞龙，小智同意和宝贝龙来一场战斗。结果会如何呢？

小霞因为收到了波克比祭典的邀请函而来到了丰缘地区，和小智一行人约好了见面。小霞进入了所谓的会场，却没想到这是一艘飞艇改装的。小智一行人也不顾危险强行上了飞艇。他们被带到了一个叫做米拉祖王国的地方，接待他们的人是想要夺走波克比摄政大臣韩佐。面对韩佐的攻势，小智和小刚让小霞等人先跑，他们留下来应战。韩佐为什么要觊觎波克比？小智一行人的下场又将如何？

在韩佐的宝可梦们的攻击下，波克比使用神秘守护，将众人带到了海市蜃楼中的波克比的乐园。但是众人发现波克比乐园变得十分荒芜，连里面的波克比们也十分虚弱。这一切都是因为涉政韩佐心术不正而影响了里面的环境。韩佐企图强制打开通往波克比乐园的门，小霞的波克比为了保护乐园，被韩佐抓走了。得到了波克比的韩佐立刻就开始了政变……波克比的命运会如何？波克比乐园能否回复从前的景象？

小智一行人在前往秋叶镇的路上因为水喝光了而昏倒在地。幸运的是，他们被在附近耕作的连胜家族给救了。小智一行人想要报答对方的救命之恩，然而连胜家族的老奶奶光代却提出要报答就来对战。小智答应了光代，并和连胜家族展开了4对4的宝可梦战斗。战斗的结果会如何呢？

在为即将到来的华丽大赛做准备的小遥无意中把飞盘扔远了。前去捡飞盘的火稚鸡发现了草丛中有一只虚弱的向尾喵。为了让向尾喵恢复，小刚带着众人来到可以做芳香疗法的研究所。在芳疗师亚里莎的芳香疗法治愈下，向尾喵很快就恢复了干劲。就当小遥准备在向尾喵恢复之后收服向尾喵时，火箭队突袭研究所并打算抢夺这里的香精。在一阵混乱之后，向尾喵不见了……

在前往秋叶镇的路中，小智一行人在森林中看见了两只猫鼬斩。原来其中一只就是曾经遇到过的短裤小子阿奇假扮的。阿奇再次向小智发起了挑战。小智的木守宫帮小智赢下了第一局。就在阿奇换上猫鼬斩时，猫鼬斩似乎察觉到了草丛中的异动，跳进了草丛。猫鼬斩找到了武藏的饭匙蛇，这两个天生的死对头不顾训练家的命令打了起来。宿敌的对决，也激起了武藏和阿奇的斗志，究竟谁胜谁败呢？

小智一行人在森林中的一家宝可梦中心休息时，看见了一位从名字到外貌都和小胜很像的少年，胜人。可是小胜和胜人看似很像，却一见面就吵架。小遥带着小胜来到湖边，他们看见了胜人正在抚摸一只溜溜糖球，就在小胜和小遥准备靠近溜溜糖球观察时，胜人阻止了两人并再次和小胜吵了起来。胜人为什么要和小胜争吵？两个人之间的关系能否和好？

小智一行人终于来到了即将举办宝可梦华丽大赛的秋叶镇。他们在宝可梦中心遇见了正在修炼的葛蕾丝和她的恰雷姆。葛蕾丝教授了小遥参加华丽大赛的心得，并让恰雷姆向她展示了组合招。但是，小遥似乎还不会让狩猎凤蝶使用组合招。接着到来的小瞬向小遥展示了自己获得的三个奖章，这让小遥显得更加迷茫。小遥能否让狩猎凤蝶使用组合技？她为华丽大赛能否准备充分？

在秋叶镇举办的华丽大赛终于拉开了帷幕。在第一轮的招式展示中，小遥和她的狩猎凤蝶好不容易以微弱的优势晋级了第二轮。在第二轮的对战中，小遥的对手是化妆参赛的武藏。对着在第一回合拿到了最高分的武藏的毒粉蛾，小遥的狩猎凤蝶最终还是凭借着漂亮的招数将其打败。终于晋级决赛的小遥的对手将在葛蕾丝和小瞬之间产生。到底谁会晋级决赛？小遥能否迈出华丽大赛的第一步？

前往釜炎镇的小智一行人路遇曾经在紫堇市附近山上灯塔的小男孩和智。和智说他下定决心出来旅行，然后加入了专门为宝可梦比赛加油的应援道。火箭队也看见了应援道这个机会，请应援团的关户团长帮他们加油让他们在和小智的对决中取得胜利。谈妥了委托金后，关户答应了他们并表示一定让他们赢。关户团长为何如此有自信？火箭队的挑战能否胜利？这一次挑战藏着什么阴谋呢？

因为向尾喵的调皮，被熔岩虫追逐的小智一行人不得不在热焰小径中强行冲出洞穴。这时，他们看见了一只呆火驼。随后，呆火驼的主人阳子前来并邀请小智一行人前往她家过夜。就在小刚帮助阳子照顾呆火驼时，小遥想用向尾喵和阳子来场战斗。在看过图鉴之后，小遥知道了向尾喵可以使用借助绝招。使用借助绝招，向尾喵竟然使用出了火花和银色旋风……

小智一行人乘着缆车打算翻过烟囱山，可是就在缆车上升到半空时突然停了下来。原来在烟囱山上，索蓝斯博士发现了一块不久前落下的陨石，而海洋队和熔岩队也都驾驶着直升机赶到烟囱山，企图抢走陨石。一场在两大势力之间的战争一触即发。他们为什么都盯上了那块陨石？战斗又会朝什么方向发展？小智一行人又能否安全到达目的地呢？

小智一行人终于到达了以温泉闻名的釜炎镇。迫不及待的小智立刻就拉着大家前往釜炎道馆进行道馆比赛。他们在釜炎道馆门口遇见了刚刚接手道馆工作的新人道馆训练家，亚莎。小智立刻就想向亚莎挑战，但是进到道馆才发现战斗场地因为之前的战斗而变得到处是坑洞。为了比赛能够早日开始，小智一行人也帮着亚莎修整战斗场地。暗中看着刚刚上任的道馆训练家，原道馆训练家，亚莎的爷爷穆拉一直放不下心。亚莎能把道馆的工作做好吗？

终于，釜炎道馆道馆馆主亚莎准备好了和小智的道馆比赛。对于亚莎的宝可梦，小智都十分清楚，于是他派上了属性上有优势的龙虾小兵打头阵。亚莎因为属性上的压制一时间失去了冷静，在恢复冷静之后，亚莎更换了策略，但还是没有抵挡住龙虾小兵的攻击。但亚莎的第二只宝可梦熔岩虫却让小智陷入了苦战。小智能否顺利夺得他在丰缘的第四枚徽章？

小智一行人在途中遇到了一群晃晃斑，其中有一只晃晃斑的斑点居然是心形的。随后赶来的爱莉和洛伊兹说那只晃晃斑是能给人带来幸福的晃晃斑，但那只晃晃斑随后就逃跑了。他们希望小智一行人帮助寻找。小刚立刻答应了爱莉的请求。但是山上是成群结队的晃晃斑，在一大群晃晃斑中找一只特定花纹的真是大海捞针。小智一行人能否找回晃晃斑？晃晃斑又为什么会逃跑呢？

小智一行人在返回紫堇市的山谷中遇见了一只被小磁怪和盔甲鸟袭击的煤炭龟。小智和皮卡丘赶走了小磁怪和盔甲鸟救下了煤炭龟，但是煤炭龟又向山谷中跑去。在追上煤炭龟后，他们看见煤炭龟有和那几只宝可梦打了起来。在小智和小遥的宝可梦的帮助下，煤炭龟战胜了那几只钢属性宝可梦。可是煤炭龟到这个叫做钢之谷的地方来到底是为什么呢？

小智一行人再次来到了紫堇市，迎接他们的是一个游乐园。就在一行人和宝可梦在欢快玩乐时，才发现这一切都是火箭队设的陷阱。就在小智等人的宝可梦被火箭队抓住时，铁旋和华特赶到并救了大家。按照之前的约定，小智和铁旋决定再来一次战斗。同时，华特也邀请小遥和他比试。约定的战斗会如何发展？

小智等人向著即将举办华丽大赛的绿荫镇前进。但是，与火箭队的战斗使得向尾喵嗓子出了问题，一行人遂决定到附近的宝可梦诊所看看。向尾喵在经过治疗后恢复了健康。小智等人得知这位负责治疗的女性，是有名的传说的协调训练家绫子时，跟她问了许多的问题。但是，可疑的阴影也正悄悄靠向他们……

小智一行人刚到绿荫镇，就遇见了刚刚被一个假面协调训练家打败了的小瞬和他的毒蔷薇。因为毒蔷薇伤势严重，小瞬放弃了这次的华丽大赛。为了应对能打败小瞬的强敌，小遥和向尾喵开始了特训。这时，一名自称假面使者的训练家出现并向小智一行人挑战。小智派皮卡丘上场，却在对方的彷徨夜灵的攻击下完全无还手之力。就在小智即将输掉比赛之时，假面使者却因为看见了驶来的一辆汽车仓皇而逃了。这到底是怎么一回事？

小遥在绿荫镇的第三场宝可梦华丽大赛终于开始了，在首轮的招式展示中，向尾喵因为没有使用出暴风雪而得到了低分，但是最终还是通过了第一轮。在之后的战斗中，小遥的向尾喵很轻松地击败对手晋级了决赛。另一方面，化妆参赛的武藏正在和化妆成假面使者的君麻吕进行公平的竞赛，但是武藏还是惜败给了对手。决赛的对阵君麻吕的彷徨夜灵，小遥要如何才能获得胜利呢？

在前往橙华市的途中，小智一行人带的水喝光了。大家在前去找水的途中中了火箭队的陷阱，幸好被野生的太阳岩给救了。小智爬上了陷阱，却没能找到太阳岩。而当他们来到附近的泉水时，却发现这里早就干涸了，附近的村子也一个人也看不到。就在大家在附近寻找水源时，小刚的莲叶童子进化成了莲帽小童。就在这时，所有的村民都出来把莲帽小童当成神一样来拜。为什么这里会干旱？莲帽小童与这里的村子又有什么联系？

再次迷路的小智一行人在森林中吃饭。这时，皮卡丘和其他的宝可梦发现了一只受伤的青绵鸟。小遥帮青绵鸟做了粗略的治疗，之后自然保护员森田将小智一行人带到他的居所帮着一起照顾青绵鸟。小遥为了青绵鸟康复照顾得十分用心。可是，就在青绵鸟伤势痊愈后，青绵鸟却不会飞行了。小遥要如何让青绵鸟恢复飞行能力。

前往橙华市的小智一行人在某个城市听到了紧急警报，那里的街道上一个人也没有。他们在一家商店里看见了成群结队抢夺食物的溶食兽。在当地的君莎、乔伊以及释吉博士的口中，他们得知溶食兽每过一段时间就会成群结队前往城市中央抢夺人类的食物。为了防止溶食兽侵入城市，小智一行人决定帮助他们。他们按照释吉博士的计划执行，好不容易将溶食兽大军驱退。可是当晚，溶食兽大军再次通过下水道入侵了城市。溶食兽的危机要如何彻底解决呢？

小智一行人即将到达橙华市。在他们用餐时，小智的木守宫却似乎有些不太正常，独自呆在树上也不怎么吃东西。这时，他们看见了一只失控暴走的吼爆弹。吼爆弹的主人盖伊随后赶到，吼爆弹也因为劳累而倒下了。盖伊表示他的吼爆弹最近也有些异常。为了消除吼爆弹的压力，小智和盖伊决定来一次比赛，而木守宫自愿出战。就在战斗进行到一半时，双方的宝可梦竟然都进化了……比赛会像什么方向发展呢？

即将面临道馆挑战赛的小智正为选择哪三只宝可梦对战千里而思考。就在他们在吃饭时，一只乐天河童以及他的主人，街头艺人潘裘出现了。潘裘希望小智和他的乐天河童以食物为赌注进行比赛。可一直在跳舞的乐天河童让小智派出的龙虾小兵攻击一直无法命中，最终，龙虾小兵还是输给了乐天河童。输了之后的龙虾小兵离开了小智。它将会到哪里去呢？

小智一行人为了参加橙华市的道馆赛，来到了邻镇的北橙华市。一行人还没到宝可梦中心，市民见到小遥与小胜就一阵骚动。因为二人是该市市民崇拜的道馆馆主“千里”的子女，而大受欢迎。火箭队见状，想出了一个计划。情势促使下小遥在众人面前表演宝可梦的绝技，而小智则是受到某个训练家的挑战……

为了向千里再度挑战道馆赛，以得到第五个徽章，小智来到了橙华市。这地方对小遥和小胜来说是令人怀念的故乡。小遥等人回到家里，期待着与父母的重逢，然而，家里却找不到父亲千里的身影。小遥感觉到母亲美津子的神色不同往常。好像是因为千里与乔伊小姐有外遇的样子。看似亲密的二人之间到底发生了什么事呢？在同一时期，火箭队潜入了橙华道馆巨大的温室，想夺走懒人獭、过动猿、与请假王……

攸关第五个徽章的战斗终于在橙华市展开了。道馆馆主是小遥与小胜的父亲千里。小智斗志高昂站上战斗场地，誓言这次一定要打败千里。对于派皮卡丘打先锋的小智，千里派出了懒人獭。懒人獭懒洋洋地躺在战斗场地上，一副无心战斗的样子。然而，皮卡丘的攻击却都被一一的闪过。对于千里精于计算的战斗方式，小智等人完全束手无策……

在终于拿到第五个徽章小智和同行的伙伴们决定在先前往小田卷研究所，在路中他们巧遇了正去港口回见大木博士的小田卷博士。小智和小刚随同小田卷博士前去港口接博士。来到小田卷研究所的小遥和小胜却见到了先来到研究所的大木博士。大木博士带来了关都的最初拿到的宝可梦来给小田卷博士交流，但是在一旁守候多时的火箭队驾驶机器将所有的最初拿到的宝可梦都抓走了……

因为小遥耽误了一行人的出发时间，气冲冲的小智和小遥边走边吵了起来。就在他俩吵得不可开交时，路边一对男女向小智和小遥提出了双打比赛的要求来测试双方的默契。因为有人挑战，小智还是接受了和小遥一同战斗的要求。小智和小遥虽然有默契，但是刚刚才大吵过一架的两个人在战斗中会表现得怎样呢？

小智一行人在一片大森林中迷路，小遥被突然袭来的盔甲鸟带入了森林的深处，小智等人想要前往救援却遭到了森林守卫的阻拦。当地的长老告诉他们若人类进入森林则会触怒草属性宝可梦，并坚决反对小智进森林。另一方面，小遥好不容易脱离了盔甲鸟，并且救了一只妙蛙种子。但是其他的草属性宝可梦却不由分说地攻击小遥……这座森林到底出了什么事，让这些宝可梦对人们如此反感？小遥又能否安全和小智等人汇合？

在走出禁忌森林之后，小智一行人总算到了一个城市。第一次来到城市，小遥的妙蛙种子十分的活跃。小智想着让自己的妙蛙种子过来跟小遥的妙蛙种子见个面，于是让大木博士传送精灵球过来。但传送过来后，小智发现精灵球是假的，妙蛙种子也并没有传送到他这里。原来这一切都是火箭队的诡计，火箭队能否得逞呢？